Murska on Sepelin kaltainen klusterikone, joka koostuu kolmesta edustakoneesta ja 512 laskentasolmusta, joista kussakin on kaksi kaksiytimistä 2,6 GHz AMD Opteron -prosessoria.

Aivan kuten Sepelissäkin, käyttäjän kotihakemisto ja metatyöhakemisto eivät näy laskentasolmuihin, joten eräajojen tapauksessa käsiteltävä data on siirrettävä työhakemistoon ($WRKDIR).

Ohjelmien alustus tehdään Murskassa käyttäen komentoa module load. Coronassa ja Sepelissä käytössä oleva use-komento ei toimi Murskassa. Esimerkiksi EMBOSS-ohjelmiston käyttöönotto tehdään Murskassa komennolla:

module load emboss

Sekvenssirinnastusohjelmistot

Murskaan on jo asennettu suuri joukko sekvenssirinnastusohjelmia. Sekvenssitietokantoja ei kuitenkaan ole siirretty Murskaan. Niinpä esimerkiksi BLAST-ohjelmaa voi käyttää Murskassa, kunhan käyttäjä itse huolehtii haluamansa sekvenssitietokannan tuomisesta Murskaan.

BLAST

NCBI-BLAST -ohjelman [7] versio 2.2.15 on käyttävissä Murskalla ilman valmiiksi asennettuja tietokantoja. CSC:llä NCBI-BLAST:iin on lisätty optimoitu blastpgp-ohjelma tehostamaan PSI-BLAST ajoja sekä pb-apuohjelma suurten sekvenssijoukkojen analysointia varten.

CD-HIT.

CH-HIT-ohjelmistoa käytetään suurten sekvenssijoukkojen luokitteluun ja samankaltaisen tai identtisten alisekvenssien poistamiseen sekvenssijoukosta. Alkuperäinen CD-HIT -ohjelma oli kehitetty  proteiinisekvenssijoukkojen analysointiin. Murskaan asennetun CD-HIT -ohjelmiston uusin versio sisältää myös intronittomille nukleotidisekvensseille kehitetyn version (cd.hit-est) sekä proteiini- ja est-tietokantojen vertailuun kehitetyt versiot (cd-hit-2d ja cd-hit-est-2d).

EXONERATE

EXONERATE on ohjelmisto, joka tarjoaa laajan valikoiman menetelmiä sekvenssien parittaiseen vertailuun. Ohjelmalla voidaan muun muassa vertailla genomista sekvenssiä proteiini- tai EST-sekvensseihin käyttäen kehittyneitä intronirakenteet huomioivia rinnastusmalleja.

HMMER 

HMMER  [8] on yleisohjelmisto proteiinisekvenssien HMM-mallien luomiseen ja analysointiin sekä malleilla tehtäviin vertailuihin ja hakuihin. PFAM -tietokannat eivät ole automaattisesti käytettävissä Murskassa, joten tarvottaessa käyttäjän on tuotava haluamansa HMM-tietokanta itse omalle työlevylleen.

EMBOSS

Sekvenssianalyysin laaja yleispaketti, EMBOSS [9], on Coronan lisäksi käytettävissä myös Murskassa. Coronassa EMBOSS:iin kytketyt sekvenssitietokannat (EMBL, Uniprot jne.) eivät kuitenkaan ole käytettävissä Murskassa.  Varsinaisten EMBOSS -ohjelmien lisäksi käyettävissä ovat seuraavat EMBOSS-ympäristöön sovitetut niin sanotut EMBASSY -ohjelmistot: SIM4, MEME, HMMER, PHYLIP, TOPO ja VIENNA. Yhteensä Murskan EMBOSS-asennukseen kuuluu 241 sekvenssianalyysiohjelmaa.

MAFFT

MAFFT [10] on usean sekvenssin rinnastusohjelmisto, joka tarjoaa useita erilaisia rinnastusstrategioita. Paras strategia riippuu analysoitavien sekvenssien määrästä ja odotettavissa olevan rinnastuksen luonteesta

Muscle

Muscle-ohjelmisto[1], jota käytetään usean sekvenssin rinnastuksiin on käytettävissä Sepelin lisäksi Murskalla.

Usean sekvenssin rinnastuksissa on syytä siirtyä käyttämään Musclea tai MAFFT:ia Clustalin sijaan, sillä ne antavat tarkempia tuloksia kuin Clustal. Lisäksi suurempien sekvenssijoukkojen (>20) ollessa kyseessä esimerkiksi Muscle tuottaa rinnastuksen paljon Clustalia nopeammin samalla säilyttäen paremman tarkkuutensa.

Fylogenetiikkaohjelmistot

POY:n [2] uusin versio beta 4, build 1822 on asennettu Murskalle sekä peräkkäis- että rinnakkaistöitä varten. Version 3.0.11 peräkkäistyöversio on edelleen käytettävissä Sepelillä.

RAxML [3], MrBayes [4] ja TNT [5] on niinikään asennettu Murskalle, mutta ne säilyvät edelleen käytössä Coronalla ja Sepelillä. Murskalla on kuitenkin asennettu näiden ohjelmien kaikkein tuoreimmat versiot.

PHYLIP-paketti säilyy käytössä Corona-palvelimella, mutta PHYLIP-ohjelmien käytöstä on syytä siirtyä tehokkaampien RAxML- ja TNT-ohjelmien käyttöön, jotka antavat tarkempia tuloksia PHYLIP-ohjelmia nopeammin.

DNA-siruanalyysi

Tilasto-ohjelmisto R:stä [6] on Murskalle asennettu versio 2.5.1. Se sisältää Bioconductor-pakettien julkaisun 2.0 mukaiset peruspaketit.

Lisätietoja

[1] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/muscle/index_html

[2] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/poy/index_html

[3] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/raxml/index_html

[4] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/mrbayes/index_html

[5] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/tnt/index_html

[6] http://www.csc.fi/english/research/sciences/statistics/R_en

[7] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/blast/index_html

[8] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/hmmer/index_html

[9] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/emboss/index_html

[10] http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/mafft/index_html