EMBOSS 6.3.1 on asennettu CSC:lle

26.07.2010

CSC:llä toimiva EMBOSS-sekvenssianalyysiohjelmisto on päivitetty versioon 6.3.1. Uusi version on käytössä Hippu-, Murska- ja Vuori-palvelimilla sekä Tutkijan käyttöliittymässä.

Uusi EMBOSS-versio pystyy hakemaan sekvenssidataan suoraan Ensembl:n MySQL-palvelimelta Ensembl-tunnisteiden avulla. Ensemb-tietokantojen yhteydessä käytettään hieman muunnettua USA määrittelyä:  tietokanta:laji:id-numero
Esimerkkejä:

seqret ensembl:mouse:ENSMUST00000103109 
infoseq ensembl:human:ENST00000262160 
showseq ensembl:homo_sapiens:ENST00000262160

Uusi EMBOSS pystyy hakemaan sekvenssidataan myös muista sopivan rakenteen omaavista MySQL ja PostgeSQL tietokannoista.

Toinen merkittävä parannus uudessa EMBOSS- versiossa on suurtehosekvensointiin liittyvien  tiedostojen käsittelyn helpottuminen. EMBOSS ohjelmat voivat nyt käsitellä fastq- ja sam-muotoisten tiedostojen lisäksi myös bam-muotoisia sekvenssitiedostoja.

Esimerkiksi sam-tiedoston muuttaminen bam-muotoon onnistuu komennolla:

seqret  ngs_alignment.sam  bam::ngs_alignment.bam

Lisää tietoa uudesta EMBOSS-versiosta ja sen käytöstä löytyy osoitteesta:

http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/emboss/