====================================================================== Chemistry@CSC - nro 6/2009 Sisällys: 0. Paluu sorvin ääreen. 1. Sovellusten porttaus- ja optimointipalvelu 2. CSC:n asiakaskysely 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat 4. Ohjelmistouutiset 5. CSC rekrytoi 6. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Paluu sorvin ääreen. Rantakelit alkavat olla takanapäin kuten myös useimmilta lomat. Me CSC:n kemistitkin olemme taas paremmin paikalla, mutta pyydämme teitä edelleen käyttämään helpdesk@csc.fi -osoitetta tukipyynnöissä, jotta yhteydenotot ohjautuvat oikeille henkilöille ja tikettijärjestelmään. Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Sovellusten porttaus- ja optimointipalvelu Haluatko koodistasi nopeamman tai pyörimään sen uudelle alustalle? http://www.csc.fi/english/research/Computing_services/hpcoptim/index_html Palvelu on ilmainen akateemisille käyttäjille. Palvelussa useita koodeja on nopeutettu huomattavasti. Koodisi nopeutuminen lisää tehoa tutkimuk- seesi! ----------------------------------------------------------------------- 2. CSC:n asiakaskysely 2009 Haluamme kehittää tarjoamiamme palveluja. CSC:n asiakaskyselyssä 2009 sinulla on mahdollisuus kertoa meille kuinka hyvin nykyiset palvelumme vastaavat tarpeitasi sekä miten toivot meidän kehittävän niitä tulevaisuudessa. Kysely on avoinna kaikille vastaajille CSC:n www-sivuilla (www.csc.fi) viikoilla 41-43. ----------------------------------------------------------------------- 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 3.1 Desmond Application Examples: materials available for download http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/desmond_2009 3.2 EMBRACE-ENFIN workshop "Expression, interactions and system level modeling", Helsinki Oct 5-6, 2009 The workshop will cover the latest advances in the field of systems biology, including tools and databases. Registration is free of charge. More information: http://www.enfin.org/page.php?page=embrace_enfin 3.3 Fortran, 8.-9.10.2009 at CSC Course will give basic knowledge on the Fortran 95 programming language. Both days will include both lectures and practical hands-on exercises. At the end of the course the attendees should be able to write small programs. Registration (by 1.10 at the latest!) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/fortran_f2009 3.4 CrossFire/Reaxys training course, 11.11.2009 User interface program of Beilstein and Gmelin databases will change in autumn 2010. This training teaches you search strategies in the new workflow tool Reaxys and includes refined structure, reaction and data searching. Differences between the current Commander and Reaxys will also be handled. Registration for the course will be opened later this week. http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/crossfire09Nov 3.5 Introduction to parallel programming with MPI 09.-10.11.2009, CSC The course introduces the basics of parallel programming with the message passing interface (MPI) paradigm. 3.6 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 4 Ohjelmistot 4.1 Rosetta proteiinimallinnusohjelmisto on asennettu Hippuun. Rosetta koostuu noin 20 eri ohjelmasta, joilla voidaan tehdä mm. proteiinirakenteiden ennustusta sekä telakointeja. Rosetta on tunnettu etenkin proteiinirakenteiden de novo -ennustusmenetelmästään, joka on CASP-testeissä osoittautunut yhdeksi parhaista pelkkään sekvenssiin perustuvista rakenteen ennustusmenetelmistä. Lisätetoa Rosetta-ohjelmiston käytöstä löytyy osoitteesta: http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/rosetta/ 4.2 SOMA2 1.3 Magnesium julkaistu SOMA2 mallinnusympäristön uusin versio 1.3 Magnesium julkaistiin syyskuun alussa. Uusin versio on nyt käytettävissä myös tutkijan käyttöliittymän kautta. Uusi versio lisää paremman tuen nykyisille WWW-selaimille ja tuo useita parannuksia SOMA2:n käytettävyyteen. Mukana on myös monia muita parannuksia ohjelmistoon. Lisätietoja julkaisusta: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/soma2_magnesium_20090904 4.3 NWChem 5.1.1 asennettu Louhelle ja Murskalle Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/nwchem 4.4 ADF 2008.01D asennettu Hipulle Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/adf 4.5 Gromacsin oletusversio Murskalla ja Louhella muuttuu Uusi oletusversio on uusin versio, 4.0.5. Jatkossa oletusversiota päivitetään tarpeen vaatiessa. Voit kuitenkin ladata haluamasi version määrittelemällä versionumeron itse. Esim. module load gromacs/4.0.4 4.6 CPMD päivitetty Louhella CPMD:stä on käännetty uusi versio Louhelle. CPMD:lle on myös module- komento sekä ajoesimerkit mpi- ja mpi/openMP-versioille. ----------------------------------------------------------------------- 5. CSC Rekrytoi CSC hakee tällä hetkellä joukkoonsa koordinaattoria ja sovellus- arkkitehtiä. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 6. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 6.1 Tieteen tietotekniikka, uusin numero on juuri ilmestynyt: http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2009/3 6.2 @CSC ilmestyy artikkeli kerrallaan http://www.csc.fi/sivut/atcsc ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 45. ----------------------------------------------------------------------