====================================================================== Chemistry@CSC - nro 1/2008 Sisällys: 0. Uusi vuosi, uudet kujeet 1. Muutoksia laskentaympäristössä 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 3. Ohjelmistouutiset 4. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Uusi vuosi, uudet kujeet, kurssit ja uusi kemian mallinnusopas! Katso kohta 4. Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat Jussi Ahokas, jussi.ahokas@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Muutoksia laskentaympäristössä 1.1 Sepelin laskentaresurssit pienenevät Tammikuun aikana Sepelin 32 laskentasolmua poistui asiakaskäytöstä. Yleiseen asiakaskäyttöön jäi muutoksen jälkeen 32 laskentsolmua (128 ydintä). Suosittelemme Sepelin (ja Coronan) käyttäjille siirtymistä Murskalle (murska.csc.fi). Nykyiset käyttäjät saavat tunnuksen Murskaan pyytämällä sitä sähköpostitse osoitteesta usermgr@csc.fi. 1.2 Louhen käyttöjärjestelmä on päivitetty Cray Linux Environmentiksi Kaikki sovellukset tulee kääntää uudelleen. Autamme kääntämisessä mielellämme. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/superkoneen_kayttoonotto ----------------------------------------------------------------------- 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 2.1 Sybyl course 26.-27.2.2008 at CSC Lisätietoa ja ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/sybylcourse08 2.2 Parallel programming with MPI 13.-14.2.2008 at CSC MPI is a library used especially in parallel supercomputers. The participants should possess a basic knowledge of either Fortran or C/C++ programming language. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/mpi2008_1 2.3 Running Gromacs in Grid - kurssin materiaalit ladattavissa Viime lokakuussa pidetyn kurssin harjoitukset ja luentomateriaalit on ladattavissa verkosta. Tarjolla esim. skriptejä puoliautomaattiseen termodynaamiseen integrointiin. http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/Grid-gmx07 2.4 CSC Primer at CSC - materials available in the web The course introduces scientists to CSC's server environment. The course program is aimed to attendants that have not been working on a UNIX/Linux system before. UNIX-specific concepts, such as user groups, file permissions, environment variables and basic shell commands will be explained. At the end of this one day course the user should be able to effectively use all CSC's services. The course material is available at http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/cscprimer 2.5 GPAW kurssin materiaalit ladattavissa www:stä GPAW on tehokas DFT-koodi, joka myös rinnakkaistuu loistavasti. Kurssimateriaali löytyy täältä: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/gpaw-2008-01 ----------------------------------------------------------------------- 3. Uudet ohjelmat ja muita ohjelmistouutisia Näiden lisäksi monia bioinformatiikan sovelluksia ja muita työkaluja on asennettu. Katso lisää http://www.csc.fi/chem/programs tai anna Murskassa komento 'module avail'. 3.1 Sybyl 8.0 on asennettu Murskalle Sybyl 8.0 on Tripos/Sybyl-konsortion jäsenten käytettävissä Murskalla. Murskalla Sybylin 8.0 saadaan käyttöön lataamalla ensin module-tiedoston >module load sybyl/8.0 ja seuraavaksi käynnistämällä Sybylin interaktiivisessa sessiossa. >bsub -I xterm -e sybyl Edellisen version 7.3 saa käyttöön samalla komennolla, kunhan lataa ensin vastaavan module-tiedoston: module load sybyl/7.3 3.2 Crossfire Commander 7.1 on ladattavissa tutkijan käyttöliittymässä Beilstein-konsortion jäsenet voivat ladata Crossfire Commanderin uusimman version CSC:n tutkijan käyttöliittymästä: https://hotpage.csc.fi/appl/chem/index.phtml.fi Crossfiren kotisivut CSC:llä: http://www.csc.fi/english/research/software/mdl_crossfire 3.3 Gromacsin oletusversio nyt 3.3.2 Gromacs molekyylidynamiikkaohjelmiston uusin stabiili versio on 3.3.2. Versiosta on ilmestynyt jo muutama päivitys, jotka on myös asennettu Murskaan. Ne saa käyttöön komennolla module load gromacs Huom. Päivittäkää myös eräajoskriptit! Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/gmx-files/gmx_murska 3.4 Turbomolen uusin versio on asennettu Murskalle Turbomole -ohjelmiston versio 5.10 on asennettu Murskalle. Uusia ominaisuuksia ovat mm. Raman intensiteetit, spin-rata vuorovaikutus ja dispersiokorjaus DFT:lle. Asennukseen sisältyy myös ohjelmiston huge-versio. Uusimman version saa Murskalla käyttöön komennolla module load turbomole/5.10 Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/turbomole http://www.turbo-forum.com/index.php?topic=137.0 ----------------------------------------------------------------------- 4. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 4.1. Ongelmasta ratkaisuun - kemian mallinnusopas CSC on yhdessä suomalaisten tutkijoiden kanssa laatinut oppaan mallintamisen mahdollisuuksista kemiassa ja lähitieteissä. Opas on ladattavissa verkosta tai tilattavissa maksutta myös painettuna. http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/kemian_mallinnusopas 4.2. @CSC on ilmestynyt 27.11. http://www.csc.fi/sivut/atcsc Liity samalla @CSC-verkkolehden tilauslistalle 4.3 Tietoyhteys 4/2007 on ilmestynyt. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tietoyhteys 4.4 CSC:n raportti laskennallisesta tieteestä 2006-2007 ilmestynyt http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/cscreport2008-1-15 ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 12. ----------------------------------------------------------------------