====================================================================== Chemistry@CSC - nro 1/2009 Sisällys: 0. Hyvää alkuvuotta 2009! 1. Uusi hippu.csc.fi käytettävissä! 2. Corona poistuu lähitulevaisuudessa 3. Schrödingerin Maestro mallinnusympäristö CSC:n ohjelmavalikoimaan 4. Accelrys-lisenssi vaatii tuoreen Materials Studio tai Discovery Studio version 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat 6. Ohjelmistouutiset 7. CSC rekrytoi 8. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää alkuvuotta 2009! Uusi vuosi on alkanut reippaissa merkeissä. Käyttöönne on tällä viikolla avattu uusi palvelin hippu.csc.fi, josta tarkemmin alla. Toinen merkittävä uutuus on Schrödingerin Maestro -ohjelmisto, joka on myös lisätty käytettäväksenne ohjelmistovalikoimaamme. Kertokaa meille siitä kokemuksianne! Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: helpdesk@csc.fi Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Hippu palvelee interaktiivisia käyttäjiä 21.1.- Hippu on CSC:n uusi sovelluspalvelin, joka korvaa edeltäjänsä Coronan. Coronan ja Tutkijan käyttöliittymän käyttäjät saavat Hippu-tunnuksen lähettämällä pyynnön osoitteeseen: usermgr@csc.fi. hippu.csc.fi koostuu kahdesta HP ProLiant DL785 G5 palvelimesta, joista kummassakin on 32 laskentaydintä sekä runsaasti muistia (512 GB ja 256 GB). Hippu on pääasiallisesti tarkoitettu interaktiiviseen työskentelyyn, peräkkäistöihin, graafisten käyttöliittymien käyttämiseen sekä valmisohjelmistojen käyttöön. Myös useimmat Tutkijan käyttöliittymän sovellusohjelmat käyttävät jatkossa Hippua. Hipussa ei ole jonojärjestelmää, vaan työt ajetaan interaktiivisina. Hippu avattu: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/hippu_tuotantoon Hipun käyttöopas on saatavana verkkoversiona osoitteesta: http://www.csc.fi/english/pages/hippu_guide Hipun esittely ja tekniset tiedot: http://www.csc.fi/tutkimus/Laskentapalvelut/laskenta/palvelimet/hippu Hipun kuormaa voit tarkkailla Server Statuksesta: http://serverstatus.csc.fi/ ----------------------------------------------------------------------- 2. Corona poistuu lähiaikoina Coronan lopullista poistumista käytöstä ei ole vielä ajoitettu. Coronalle on kuitenkin suunniteltu huoltokatko 2.2. Jatkossa vastaavaa kapasiteettia löytyy Hipulta ja Murskalta. ----------------------------------------------------------------------- 3. Schrödingerin Maestro mallinnusympäristö CSC:n ohjelmavalikoimaan Maestro on ladattavissa Tutkijan käyttöliittymästä ja asennettavissa omalle tietokoneelle. Maestro on lisäksi käytettävissä graafisella yhteydellä Hipulta. Maestroon on hankittu akateeminen lisenssi vuodeksi 2009. Maestron jatko riippuu käyttäjäpalautteesta ja käyttöasteesta. Pyydämme lähettämään käyttökokemuksia allekirjoitta- neelle (atte.sillanpaa@csc.fi). Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/maestro http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/schrodinger-12-2008/ ---------------------------------------------------------------------- 4. Accelrys-lisenssi vaatii tuoreen Materials Studio tai Discovery Studio version Uusi Accelrys lisenssi otettiin käyttöön CSC:llä 31.12. 2008. Tämän jälkeen monilla Materials Studion ja Discovery Studion käyttäjillä ilmeni lisenssistä johtuvia ongelmia. Kaikki työkalut eivät toimineet kunnolla tai ohjelma ei käynnistynyt lainkaan. Syyksi on nyt selvinnyt se, että CSC:n hankkimat uudet rinnakkaislaskentalisenssit eivät ole yhteensopivia vanhempien Discovery Studio ja Materials Studio ohjelmien kanssa. Sen sijaan uusimmissa versioissa (Discovery Studio 2.1 ja Materials Studio 4.4) uusi lisenssi toimii ilman ongelmia. Valitettavasti ongelmaan ei löytynyt ratkaisua, joka ei vaatisi vanhempien ohjelmistoversioiden käyttäjiltä päivityksiä. Suosittelemme siis että paikalliset Materials Studio ja Discovery Studio-ohjelmat päivitetään uusimpiin versioihinsa. Asennustiedostot voi hakea osoitteista: https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/dl.phtml.en (Disocvery Studio 2.1) https://hotpage.csc.fi/appl/chem/MS (Materials Studio 4.4) Jos et kuitenkaan halua päivittää käytössä olevaa versiota, riittää, että päivität pelkän License Pack -lisenssienhallintaohjelmiston. Sen uusimman version (7.6) voit hakea osoitteesta: http://accelrys.com/downloads/updates/license-pack/lp76/lp76.html License Pack -ohjelmiston päivitys vaatii asennusoikeudet, mutta muutoin päivitys on hyvin helppo ja nopea tehdä. ----------------------------------------------------------------------- 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 5.1 Coarse Graining Workshop 28.-30.1.2009 - full The Workshop is full, but the hands-on exercises will be available on the web after the workshop. More info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/cg-2009 5.2 Advanced parallel programming on February 23-25 2009 The topics of the course include more advanced features of the message-passing interface, shared-memory parallelization models, as well as, parallel libraries and I/O strategies. For more information and registration, please visit http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/app09 Feel free to distribute this message. 5.3 XI Synteettisen kemian kevättapahtuma TKK:lla 8.-9.6.2009 Lisätietoja: http://www.kemianseura.fi/syntjaosto.html 5.4 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed ----------------------------------------------------------------------- 6. Uudet ohjelmat ja muita ohjelmisto- ja tietokantauutisia 6.1 CSD 5.30 Käytettävissä Hipulla CSD:n uusimman version saa käyttöön komennolla module load ccdc Uusinta versiota ei enää asenneta Murskalle, ja vanha versio lakkaa toimimasta maaliskuun lopussa 2009. 6.2 Gromacsin uusin versio 4.0.3 asennettu Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/gromacs 6.3 Gaussian asennettu Hippuun ja päivitetty versioon E.01 Murskalla Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/gaussian ----------------------------------------------------------------------- 7. CSC Rekrytoi CSC hakee tällä hetkellä joukkoonsa kehittäjiä ja asiantuntijoita. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 8. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 8.1 CSC:n suomenkielinen asiakaslehti on uudistunut. Uusi nimi on Tieteen Tietotekniikka. Ensimmäinen numero 4/2008 on julkaistu: http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka 8.2 @CSC 4/08 ilmestynyt 12.12. http://www.csc.fi/sivut/atcsc ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 10. ----------------------------------------------------------------------