====================================================================== Chemistry@CSC - nro 2/2006 Sisällys: 0. Hyvää kesää! 1. Eurooppalaisia DEISA-resursseja haettavana suurten laskennallisten hankkeiden ajamiseen 2. Ohjelmistouutisia 3. Tietokantauutisia 4. Ennakkoilmoitus syksyn kursseista 5. Uudet lehdet ja julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää kesää! Tämä on vuorossaan toinen numero Chemistry@CSC -uutiskirjeestä kertoen uusimmat kuulumiset CSC:n Kemian palveluista. Kesän aikana saatamme lomien vuoksi vastata kyselyihin tavallista hitaammin. Nopeaa vastausta vaativissa ongelmissa pyydämme ottamaan yhteyttä CSC:n HelpDeskiin (helpdesk@csc.fi, (09) 457 2821), joka auttaa ongelmissa läpi kesän. CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Mikael Johansson, mikael.johansson@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ---------------------------------------------------------------------- 1. Eurooppalaisia DEISA-resursseja haettavana suurten laskennallisten hankkeiden ajamiseen Euroopan supertietokoneinfrastruktuurin, DEISA:n toimintavuodelle 2006-2007 allokoidut resurssit suurten laskennallisten hankkeiden ajamiseen ovat haussa 15.7.2006 saakka. Lisätietoja DEISA-resurssien hausta (DECI, DEISA Extreme Computing Initiative) saa esimerkiksi täältä: http://www.deisa.org/applications Juha Fagerholm, p. (09) 457 2447, juha.fagerholm@csc.fi Petri Nikunen p. (09) 457 2923, petri.nikunen@csc.fi 1.1 DEISA-kurssille Pariisiin 3.-5.7. 3.-5.7. järjestetään Pariisissa DEISA:n laskentaympäristöön liittyvää koulutusta uusille ja nykyisille käyttäjille: http://www.deisa.org/training DEISA korvaa osalle osallistujista myös matkakulut (ks. www yllä). ---------------------------------------------------------------------- 2. Ohjelmistouutisia 2.1. Gromacs 3.3.1 asennettu Sepeliin ja IBMSC:lle Gromacs on nopea ja monipuolinen molekyylidynamiikkaohjelmisto, jonka uusin versio on merkittävästi nopeampi Sepelin AMD -prosessoreilla kuin aiempi 3.2.1. Käyttöohjeita ja lisätietoja: http://www.csc.fi/chem/progs/gromacs.phtml.en 2.2. Molpro päivitetty versioon 2006.1 Molpro 2006.1 (patchlevel 5) on asennettu IBMSC:lle ja Sepeliin. Molpro on tehokas kvanttikemian, erityisesti ab initio-menetelmien ohjelmapaketti. Uudet ominaisuudet 2002.6 versioon nähden ovat mm. uudet nopeat algoritmit korreloiduille menetelmille (esim. DF-LCCSD(T)): http://www.molpro.net/update http://www.csc.fi/chem/progs/molpro.phtml.en 2.3. Sybyl-konsortio katkolla ensi vuoden vaihteessa CSC:n kolmevuotinen Sybyl-konsortio on katkolla ensi vuoden vaihteessa. Tiedustelut uuden konsortion kokoamiseksi on aloitettu. CSC:n kemistiasiakkailla on mahdollista päästä testaamaan Sybyliä ja sen uusimpia moduleita ajalla 10.7.-10.9.2006. Lisätietoja Sybyl-ohjelmistosta ja konsortiosta kotisivulta ja Johanna Blomqvistilta. http://www.csc.fi/chem/progs/sybyl.phtml.en 2.4. Quanta 2006 -päivitys Quanta-ohjelmisto on päivitetty sepelissä versioon 2006. Uusi versio sisältää lähinnä korjauksia vanhaan 2005 versioon sekä uuden CHARMm 32b1 version. http://www.csc.fi/chem/progs/quanta.phtml.en Jos haluat asentaa Quanta 2006 ohjelmiston paikalliseen Linux- tai SGI-koneeseen lähetä pyyntö osotteeseen: kimmo.mattila@csc.fi. ---------------------------------------------------------------------- 3. Tietokantauutisia 3.1. MDL CrossFire -tietokantojen jatkosta MDL CrossFire (Beilstein ja Gmelin) -tietokantojen sopimus päättyy lokakuun lopussa 2006. Jatkossa näitä tietokantoja pääsevät käyttämään konsortiojäseninstituutiot. Lisätietoja MDL CrossFire -tietokannoista ja konsortiosta saa Johanna Blomqvistilta. http://www.csc.fi/chem/progs/beilstein_crossfire.phtml.fi 3.2. CSD päivitetty Cambridge Crystallographic Database:en on lisätty neljännesvuosittain ilmestyvä päivitys. Lisätietoja ja käyttöohjeet: http://www.csc.fi/chem/progs/csd.phtml.en 3.3. INSIGHTII -luuppitietokanta päivitetty InsightII-ohjelmiston paikalliseen käyttöön tarkoitettu luuppitietokanta on päivitetty ja haettavissa osoitteesta: http://www.csc.fi/chem/progs/insightII_csc.phtml.en#LOOPS Päivitetty luuppitietokanta perustuu PDB-select25 tietokannan tuoreimpaan versioon ja se kattaa 3077 proteiinirakennetta. 3.4. ISIS/BASE -päivityksiä ACD3D ja MDDR päivitettiin hiljattain versiohin 2006.1. ---------------------------------------------------------------------- 4. Tulevia kursseja Kurssitarjonta jatkuu syksyllä. Alla joitakin suunnitteila olevia kursseja. Lisätoiveita kursseista saa hyvin mielellään esittää kemian asiantuntijoille! Turbomole. Tehokkaan kvanttikemiallisen koodin käytöstä on suunnitteilla kaksipäiväinen kurssi syksyllä. Ensimmäisenä päivänä peruskäyttöä, toisena edistyneempää. Otamme mielellämme vastaan toiveita aiheista joita toivotaan käsiteltävän! CPMD-esittely ja peruskurssi. Lisätietoja koodista: www.cpmd.org Loppuvuodesta tai alkuvuodesta 2007 järjestetään myös Beilstein- ja Gmelin-tietokantakurssi. Muita kursseja: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/index.phtml.fi ---------------------------------------------------------------------- 5. Lehtiä ja julkaisuja CSC:n vuosikertomus 2005 http://www.csc.fi/suomi/info/vuosikertomus_2005.pdf Tietoyhteys 2/2006. Mm. laskennallista NMR-tutkimusta. http://www.csc.fi/lehdet/tietoyhteys/ty2_2006.pdf ---------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 33 ---------------------------------------------------------------------- AURINKOISTA JA RENTOUTTAVAA KESÄÄ! toivottaa CSC:n kemistit ___________________________________________________________