====================================================================== Chemistry@CSC - nro 2/2007 Sisällys: 0. Hyvää kevään odotusta! 1. Uudet koneet 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 3. Ohjelmistouutisia ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää kevään odotusta! Uusi vuosi on alkanut vilkkasti mm. Gromacs- ja Finnish supercomputing days- tapahtumien merkeissä. Gromacs-workshopissa oli liki 60 osallistujaa. Kurssin materiaaleja pääsee näin jälkikäteen katsomaan täällä: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/gmx2007/ Myös Finnish supercomputing days-materiaali on tulossa verkkoon, osallistujia tapahtumassa oli noin 90! http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/FSD2007 Keväisin terveisin, CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Uudet koneet CSC:n uusien superkoneiden Louhen (Cray XT4 superkone) ja Murskan (HP Opteron superklusteri) asentamisaikataulua voi seurata suoraan www-sivuiltamme: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/superkoneen_kayttoonotto Siirtymävaiheessa olemme joutuneet ajamaan vanhaa kapasiteettia väliaikaisesti alas ennen kuin uusi saadaan käyttöön. Toivomme kärsivällisyyttä Sepelin ja IBMSC:n käytön kanssa. ----------------------------------------------------------------------- 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat *MDL CrossFire training course, 02.04.2007 09:00 - 16:00 Lisätietoja kurssista ja ilmoittautumislomake (ilmoittautuminen viim. 26.03.2007!): http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/MDLCrossFire *Datan käsittely ja analyysi tutkimuksessa, 04.04.2007 09:00 - 17:00 Ilmoittautuminen viimeistään 29.03.2007 http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/data ----------------------------------------------------------------------- 3. Ohjelmistouutisia 3.1. gmx-3.3.1-patched versio asennettu sepeliin (ja devel?) Otetaan käyttöön antamalla use gromacs331patch 3.2 ADF-GUI ja BAND-GUI CSC:n lisenssin piiriin. ADF/BAND -ohjelmiston lisenssi uusittu vuodeksi eteenpäin. Uusi lisenssi kattaa myös graafiset käyttöliittymät ADF-GUI ja BAND-GUI. Yhteenveto ADF-GUI modulien ominaisuuksista löytyy sivulta: http://www.scm.com/Doc/Doc2006.01/ADFGUI/ADFGUI_tutorial/page4.html Uusi lisenssi sallii myös paikalliset GUI-asennukset. Lisätietoa sivulta http://www.csc.fi/english/research/software/adf 3.3 Huge-versio turbomole5.9:stä asennettu sepeliin. Parameter | default version | huge version ---------------------------------------------------------------- atoms | 700 | 1400 basis functions | 10000 | 21000 shells | 6000 | 16000 Huge-version modulit saadaan käyttöön lisäämällä "_huge" pääte modulien nimiin, esim. define_huge, ridft_huge. Jobex_huge vaatii normaalien vipujen lisäksi vivun "-modus huge". 3.4 SOMA2-ympäristö tutkijoiden käyttöön SOMA2 on www-selaimen kautta käytettävä mallinnusympäristö laskennallista lääkeainesuunnittelua sekä molekyylimallinnusta varten. Palvelu on CSC:n asiakkaiden käytettävissä Tutkijan käyttöliittymän eli CSC:n www-ekstranetin kautta. SOMA2-ympäristö tarjoaa käyttäjille käyttöliittymiä tieteellisiin ohjelmistoihin ja mahdollistaa näiden ohjelmien kytkemisen työvuoksi. Työvuon suoritus tapahtuu laskentaympäristössä automaattisesti ja käyttäjät voivat myös tarkastella tuloksia www-selaimessa. SOMA2-ympäristön kautta voi käyttää muun muassa telakointiohjelmistoja GOLD sekä Autodock. Myös kvanttikemian ohjelmistot Gaussian ja TURBOMOLE sekä monia muita laskennallisessa lääkeainesuunnittelussa sekä molekyylimallinnuksessa käytettäviä ohjelmistoja on käytettävissä SOMA2-ympäristön kautta. Lisätietoja: http://www.csc.fi/soma/ ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 17. ----------------------------------------------------------------------