====================================================================== Chemistry@CSC - nro 2/2009 Sisällys: 0. Hyviä talvikelejä! 1. Hippuun avattu uusia tunnuksia 2. Maestro koulutustallenteita verkosta 3. Accelrys-lisenssit kovassa käytössä 4. Uusi Beilstein käyttöliittymä evaluoitavana 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat 6. Ohjelmistouutiset 7. DEISA-haku avattu 8. CSC rekrytoi 9. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää alkuvuotta 2009! Uusi serveri Hippu on saatu käyttöön, mutta ainakin vielä siellä on mukavasti resrursseja vapaana. Maestron lisäksi käyttötestiin on saatu uusi käyttöliittymä Beilstein-tietokantaan. Odottelemme mielenkiinnolla kokemuksianne! Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: helpdesk@csc.fi Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Hippu palvelee interaktiivisia käyttäjiä Hippu on ollut käytössä reilun kuukauden. Kaikille vuoden sisällä Coronaa käyttäneille on avattu tunnus Hipulle. Hipulta löytyvät lähes kaikki samat ohjelmistot kuin Coronalta, ja joitakin uusia, esim. CSD, Maestro, Materials Studio, Discovery Studio. Jos sinulla ei vielä ole tunnusta Hipulle (mutta tunnus jollekin CSC:n palvelimelle on), saat sen lähettämällä pyynnön osoitteeseen: usermgr@csc.fi. Hipun käyttöopas on saatavana verkkoversiona osoitteesta: http://www.csc.fi/english/pages/hippu_guide Hipun kuormaa voit tarkkailla Server Statuksesta: http://serverstatus.csc.fi/ ----------------------------------------------------------------------- 2. Schrödinger Maestron koulutusmateriaalia verkossa Schrödingerin www-sivuilta on ladattavissa vajaan tunnin mittaisia opetus- ja esittelyvideoita ohjelmiston tehokkaasta käytöstä. Ohjeet katseluun: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/maestro-3-2009-fi Maestron käytöstä järjestetään kaksi koulutustilaisuutta 31.3. Jyväskylässä ja 1.4. CSC:llä, Espoossa, lisätietoja kurssiosiossa alla. Maestroon on hankittu akateeminen lisenssi vuodeksi 2009. Maestron jatko riippuu käyttäjäpalautteesta ja käyttöasteesta. Pyydämme lähettämään käyttökokemuksia allekirjoittaneelle (atte.sillanpaa at csc.fi). Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/maestro ---------------------------------------------------------------------- 3. Accelrys-lisenssi lisenssit kovassa käytössä Materials ja Discovery Studiot ovat olleet kovassa käytössä, eikä lisenssitokeneita ei ole riittänyt kaikille. Jos yksittäinen käyttäjä kuluttaa yli 20 tokenia, ja tokeneita on yhteensä käytössä yli 50, niin käyttöä pitää vähentää 15 tokeniin, jotta mahdollisimman moni voi käyttää ohjelmistoa. Raskaaseen laskentaan on tarjolla muita ohjelmistoja erilaisella lisensoinnilla (tai ilman lisensointia). Lisenssitilanteen voi tarkistaa Hipulta komennolla: accelrys-lisenssit Mikäli ryhmällänne on usein tarve suurelle määrälle lisenssejä, on teillä mahdollisuus ostaa CSC:n tarjoamien lisenssien rinnalle omia lisäksi. ----------------------------------------------------------------------- 4 CrossFire-tietokantojen uuden käyttöliittymän evaluointi alkaa Reaxys-käyttöliittymään pääsee tutustumaan kahden kuukauden ajan. Evaluointi alkaa viikolla 11. Lisätietoja evaluoinnista löytyy CSC:n CrossFire-sivuilta: http://www.csc.fi/english/research/software/mdl_crossfire ----------------------------------------------------------------------- 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 5.1 Beilstein Crossfire esittely 25.3. Jyväskylä Prof. Petri Pihko ja Johanna Blomqvist esittelevät Beilstein Crossfire tietokannan käyttöä. Lisätietoja voi kysyä Johannalta. 5.2 Schrödinger Maestro Workshop 31.3., Univ. of Jyväskylä The specialists from Schrödinger will give a one day workshop that will explain the efficient use of the Maestro suite. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/maestro_jkl_2009 5.3 Schrödinger Maestro Workshop 1.4., CSC, Espoo The specialists from Schrödinger will give a one day workshop that will explain the efficient use of the Maestro suite. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/maestro_csc_2009 5.4 ARC Grid Middleware Tutorial 2.4. at CSC The tutorial will introduce grids in general and the NorduGrid ARC middleware. Most of the day will be spent going through exercises with guidance from the instructors on how to run jobs in the grid. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/ARC200904 5.5 Workshop on code optimization and performance tuning on April 20-22 2009. The topics of the course include all the essential considerations for improving the performance and parallle scalability of scientific software. A significant part is reserved for optimizing participants' own applications with the help of CSC's high-performance computing experts. For more information and registration, please visit http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/optimization09 Feel free to distribute this message! 5.6 ADF course 27.-28.4. at CSC, Espoo This course is an introduction to the powerful computational chemistry software Amsterdam Density Functional (ADF). Registration by 20.04.2009: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/adf09 5.7 DEISA PRACE symposium 11.-13.5. Amsterdamissa Symposiumin teemana on "HPC infrastruktuurit petaluokan sovelluksille". Ilmoittautuminen ja lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/deisa_prace_symposium_2009 5.8 Coarse Graining Workshop successfully over The workshop was attended by 65 people from all over the world. The workshop lecture slides and hands-on exercises with example output are available on the workshop homepage: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/cg-2009 5.9 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 6 Ohjelmistot 6.1 Turbomolen uusin versio on asennettu Murskalle Turbomole -ohjelmiston versio 6.0 on asennettu Murskalle. Tehokkuus on lisääntynyt monien ominaisuuksien myötä. Lisäksi nyt tarjolla mm. SCS-CC2 menetelmä sekä viritetyille että perustiloille (energiat, gradientit,...), tuki meta-GGA funktionaaleille, gradientit pistevarauksille MM/QM-systeemeissä ja MP2-COSMO:lla (rimp2). Uusimman version saa Murskalla käyttöön komennolla module load turbomole/6.0 Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/turbomole Lista uusista ominaisuuksista: http://www.cosmologic.de/QuantumChemistry/improvements.html ----------------------------------------------------------------------- 7. DEISA:n laskentaresurssit haettavana 4.5. asti Eurooppalainen yhteistyöprojekti DEISA jakaa laskentaresursseja Euroopan supertietokoneilta. Hyväksyttyjen hankkeiden tulee sisältää vaativia ja innovatiivisia simulaatioita. Tänä vuonna haussa huomioidaan erityisesti monitieteisiä tai eri maiden välisiä hankkeita. Resursseja on myönnetty vuosittain yli 20 tutkimusprojektille. DECI-haun hakuaika päättyy 4.5.2009. http://www.deisa.eu/science/deci/deci-call-for-proposals2009 ----------------------------------------------------------------------- 8. CSC Rekrytoi CSC hakee tällä hetkellä joukkoonsa sähköposti-, tietoliikenne- ja tietohallintoasiantuntijaa (windows) sekä kesäharjoittelijoita. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 9. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 9.1 Tieteen tietotekniikka, 1/2009 on ilmestynyt http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2009/1 9.2 @CSC 1/09 ilmestyy artikkeli kerrallaan @CSC:n julkaiseminen muuttuu. Artikkeleita julkaistaan sitä mukaan kun niitä valmistuu, ja neljä kertaa vuodessa ne kootaan 'numeroiksi'. http://www.csc.fi/sivut/atcsc ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 16. ----------------------------------------------------------------------