====================================================================== Chemistry@CSC - nro 3/2006 Sisällys: 0. Lomien loppuessa uusimmat kuulumiset CSC:ltä 1. Syksyn kursseja: Turbomole ja CPMD Computational Chemistry days - ennakkoinfoa 2. Ohjelmistouutisia 3. Tietokantauutisia ---------------------------------------------------------------------- 0. Lomien loppuessa uusimmat kuulumiset CSC:ltä Tämä on vuorossaan kolmas numero Chemistry@CSC -uutiskirjeestä, jonka myötä toivotamme hyvää loppukesää! CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Mikael Johansson, mikael.johansson@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ---------------------------------------------------------------------- 1. Syksyn kursseja 1.1 Turbomole-kurssi 28.-29.9.2006. Turbomole on tehokas kvanttikemian ohjelmisto mm. DFT laskuille. Järjestämme kaksipäiväisen kurssin, jonka 1. päivänä käsitellään ohjelman perusteita ja 2. päivänä kehittyneempiä toimintoja. Voit osallistua molemmille päiville tai jommalle kummalle. Otamme mielellämme vastaan ehdotuksia toisen päivän aiheista! Peruspäivän ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/kurssi.phtml.fi?id=317 Jatkopäivän ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/kurssi.phtml.fi?id=318 1.2 CPMD-esittely ja peruskurssi 24.-25.10. CPMD on DFT-tasoaaltokoodi kehitetty erityisesti molekyylidynamiikkaa varten. Sen käyttö on ei-kaupalliseen käyttöön ilmaista. Ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/kurssi.phtml.fi?id=320 Lisätietoja koodista: http://www.cpmd.org 1.3 Ennakkoilmoitus: Computational Chemistry Day 23.10.2006 CPMD-kurssin yhteydessä järjestetään seminaarityyppinen tapahtuma, jonka tavoitteena on koota laskennallista kemiaa tavalla tai toisella hyödyntäviä tutkijoita yhteen. Päivän ohjelmaan kuuluu muutama kutsuttu esitelmä, CSC:n palvelujen esittelyä ja osallistujien esityksiä omasta tutkimuksestaan. Päivä päättyy vapaamuotoisempaan iltaohjelmaan (lue: saunailtaan). Mikäli olet kiinnostunut pitämään 15-30 min esitelmän, lähetä lyhyt tiivistelmä aiheestasi sähköpostilla 4.9 mennessä. Kaikki, nuoresta tutkijasta professori emeritukseen, ovat tervetulleita pitämään esitelmän; rohkeasti mukaan! Tapahtuma on englanninkielinen ja maksuton. Lisätietoja kemian asiantuntijoilta. Muita kursseja: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/index.phtml.fi ---------------------------------------------------------------------- 2. Ohjelmistouutisia 2.1. Sybyl-konsortion jatkon selvitys käynnissä CSC:n kolmevuotinen Sybyl-konsortio on katkolla ensi vuoden vaihteessa ja jatkon selvitys on käynnissä. Sybylin uusimpia moduleita pääsee testaamaan 10.9. asti. Näiden lisäksi vuoden loppuun asti käytössä on nyt uutena Surflex-Dock. Jos ryhmänne on kiinnostunut liittymään uutena Sybyl-konsortioon, ota kiireesti yhteyttä Johanna Blomqvistiin, vielä pääsee mukaan. CSC:n kemian Sybyl-sivut: http://www.csc.fi/chem/progs/sybyl.phtml.en 2.2 Schrödinger- ja MOE- ohjelmistojen evaluointi syys-lokakuussa Ohjelmistoja Schrödinger ja MOE pääsee testaamaan CSC:llä syys- lokakuussa: http://www.schrodinger.com http://www.chemcomp.com Testaamisesta kiinnostuneet ottakaa yhteyttä Johanna Blomqvistiin. ---------------------------------------------------------------------- 3. Tietokantauutisia 3.1. MDL ISIS/Base jatko MDL ISIS/Base konsortion on määrä jatkua edelleen. Konsortiolla on käytössään mm. molekyylitietokannat ACD-3D ja MDDR-3D sekä reaktio- tietokannat OrgSyn ja Metabolite. Lisää tietoa tietokannoista: http://www.csc.fi/chem/progs/mdl.phtml.en Mikäli ryhmälläsi on kiinnostusta liittyä konsortioon, ota yhteyttä Mikael Johanssoniin niin nopeasti kuin mahdollista! 3.2. MDL CrossFire -tietokantojen nykyinen käyttösopimus päättyy 31.10.2006 MDL CrossFire (Beilstein ja Gmelin) -tietokantojen sopimus päättyy lokakuun lopussa 2006. Tähän asti käyttö on ollut yliopistoille ilmaista, jatkossa näitä tietokantoja pääsee käyttämään ainoastaan konsortioon mukaan tulevissa instituutioissa. Lisätietoja MDL CrossFire -tietokannoista ja konsortiosta saa Johanna Blomqvistilta. MDL CrossFire-sivut: http://www.csc.fi/chem/progs/beilstein_crossfire.phtml.fi 3.3 CSD päivitetty Coronalla. Cambridge Crystallographic Database on päivitetty Coronalle. Ohjeet ja lisätietoja: http://www.csc.fi/chem/progs/csd.phtml.en CSD:n paikalliset asennukset täytyy päivittää erikseen. Päivityksiä on tänä vuonna julkaistu kolme ja ne on ladattavissa täältä: http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/csd_system/conquest/csd_updates/index.php Lataamiseen tarvitaan ryhmäkohtainen "Site number" ja "Confirmation code", jotka löytyvät kanssamme vuoden 2005 lopulla tehdystä sopimuksesta. ---------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 38. ---------------------------------------------------------------------- MUKAVAA PALUUTA TAKAISIN TÖIDEN PARIIN! toivottaa CSC:n kemistit ___________________________________________________________