====================================================================== Chemistry@CSC - nro 5/2006 Sisällys: 0. Kiitokset laskennallisen kemian päivään osallistuneille 1. Nordic Computational Grand Challenge Survey 2. Kursseja: Protein modeling with InsightII Discovery Studio demonstration 3. Ohjelmistouutisia 4. Tietokantauutisia 5. Uudet lehdet ---------------------------------------------------------------------- 0. Kiitokset laskennallisen kemian päivään osallistuneille Comp Chem Day kokosi yhteen CSC:lle yli viisikymmentä laskennallisesta kemiasta kiinnostunutta tutkijaa kemian, biokemian, lääkesuunnittelun ja fysiikan aloilta ympäri Suomen. Ohjelmassa oli useita mielenkiintoisia esitelmiä, ja väliajoilla sekä iltaohjelmassa keskusteltiin vilkkaasti yli tiedealarajojen. Jos et päässyt paikalle, voit katsoa esityksiä parin viikon sisällä CSC:n media-arkistosta: http://tv.funet.fi Nyt kurssin sivuilla on nähtävillä mm. esitysten abstraktit: http://www.csc.fi/chem/course/ccd Kiitos vielä kerran kaikille esiintyjille ja osallistujille! Yhteistyöterveisin, CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Mikael Johansson, mikael.johansson@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ---------------------------------------------------------------------- 1. Nordic Computational Grand Challenge Survey Tutkimusryhmiä kannustetaan osallistumaan tutkimukseen jossa kartoitetaan suurteholaskennan tarpeita lähitulevaisuudessa. Suomalaisten ehdotusten joukosta tullaan valitsemaan ensimmäisiä suuria projekteja tulevalle Cray-supertietokoneelle. HUOM! Ehdotusten lähettämisen dead line on jatkettu -> 15.11. Lisätietoa: http://www.csc.fi/suomi/ajankohtaista/uutisarkisto.phtml.fi?id=129 ---------------------------------------------------------------------- 2. Kursseja 2.1 Kursseja ensi vuodelle Otamme mielellämme vastaan toiveita ensi vuonna järjestettävistä kursseista. Mikäli sinulla on ehdotuksia, niin lähetä ne meille mahdollisimman pian, vaikkapa sähköpostitse. Lyhyt kuvaus kurssin hyödyllisyydestä olisi myös mukava! 2.2 Protein modeling with InsightII 8.-9.11. InsightII on monipuolinen proteiinimallinnussofta. Kaksipäiväisellä kurssilla käydään läpi ohjelman peruskäyttöä, aikaisempaa kokemusta ei tarvita. Lisätietoa ja ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/kurssi.phtml.en?id=323 2.3 Discovery Studio demo 10.11. Proteiinimallinnusohjelman perusominaisuuksista. Ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/kurssi.phtml.en?id=325 2.5 Menneitä kursseja: CPMD-kurssimateriaali CPMD-kurssin 24.-25.10. materiaali löytyy netistä. Sekä luennot että esimerkit ovat katseltavissa. http://www.csc.fi/chem/course/cpmd Itse koodi on imuroitava rekisteröinnin jälkeen CPMD-sivustolta: http://www.cpmd.org Muita kursseja: http://www.csc.fi/suomi/koulutus/index.phtml.fi ---------------------------------------------------------------------- 3. Ohjelmistouutisia 3.1 Triposin Sybyl-molekyylimallinnusohjelmiston käytölle jatkoa Sybyl-ohjelmiston käytöstä on tehty jatkosopimus, ja konsortio jatkaa myös vuosina 2007-2009. Jos olet kiinnostunut ohjelmistosta, ota yhteyttä CSC:n kemian asiantuntijoihin. 3.2 Schrödinger-evaluointi Schrödinger-ohjelmistoa on mahdollista evaluoida CSC:n kautta marras- joulukuussa. Kemistejä Schrödingerin paketista kiinnostanee ainakin Jaguar -ab initio elektronirakennepaketti. Lisätietoja evaluoinnista CSC:n kemisteiltä, sekä ohjelmasta Schrödingerin sivuilta: http://www.schrodinger.com 3.3 MOE-evaluointi Myös MOE-ohjelmistoa on mahdollista evaluoida marras-joulukuussa. Jos olet kiinnostunut evaluoimaan, ota yhteyttä Johannaan. Lisää MOE:sta: http://www.chemcomp.com 3.4 GOLD 3.1 päivitys GOLD päivitettiin versioon 3.1 Sepelissä. Uusi versio toi mukanaan mm. proteiinien jouston huomiointimahdollisuuden sekä hemiryhmiä sisältävien proteiinien paremman mallinnuksen. Lisätietoja: http://www.csc.fi/chem/progs/gold.phtml.en 3.5 Molekyylivisualisointia koneissa Esim. orbitaalien ja IR-värähtelyjen kätevään visualisointiin sopiva Molden 4.5 beta on asennettu laskentapalvelimille. 'use molden' alustaa ohjelmiston. Ohjelma on vapaa akateemiseen käyttöön, muuhun tarvitaan lisenssi. Lisätietoja: http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html HUOM! Sepelissä kaikki hieman vaativammat interaktiiviset ohjelmat tulisi ajaa laskentanoodeissa jottei edustanoodi tukkeutuisi. Avaa siis myös Moldenia varten interaktiivinen istunto komennolla 'qrsh'! Ei tietenkään sovi unohtaa myöskään edistyneempää gOpenMol-ohjelmaa, joka käynnistyy komennolla 'rungOpenMol'. Lisää: http://www.csc.fi/gopenmol Ja kevyt XMakemol soveltuu esim. rakenteiden nopeaan tarkasteluun; käynnistyskomento 'xmakemol' ja kotisivu: http://www.nongnu.org/xmakemol 3.6 SSH -Y Kun otat omasta linux-koneesta yhteyden CSC:n palvelimeen uudehkolla ssh-asiakkaalla, niin eräät graafiset X-ohjelmat tarvitsevat vanhan -X vipusen sijasta -Y vipua jotta kaikki toiminnot toimisivat. Esim: ssh -Y sepeli.csc.fi ---------------------------------------------------------------------- 4. Beilstein ja Gmelin-tietokantakäyttö jatkuu konsortioinstituutioissa CSC on tehnyt sopimuksen MDL CrossFire- tietokantojen jatkosta. Tietokantoja pääsee 1.11. alkaen käyttämään MDL CrossFire-konsortio- jäseninstituutioissa, jotka ovat: Helsingin yliopisto, Jyväskylän yliopisto, Kuopion yliopisto, Lappeenrannan teknillinen yliopisto, Tampereen teknillinen yliopisto, Teknillinen korkeakoulu ja Åbo Akademi. MDL CrossFire käyttö siirtyy corona.csc.fi-tietokantapalvelimelta Elsevier MDL:n palvelimelle. Kunkin yliopiston kontaktihenkilöt lähettävät tiedon tarvittavista muutoksista. Muiden instituutioiden tietokantakäyttäjät eivät pääse käyttämään tietokantaa enää lokakuun lopun jälkeen. ---------------------------------------------------------------------- 5. Uudet lehdet CSCnews 3/2006. Mm. kotimaista kemiansoftakehitystä. http://www.csc.fi/lehdet/cscnews/uusin_cscnews.phtml.fi @CSC 3/2006. Mm. verkkoyhteyksien virittämistä. http://www.csc.fi/lehdet/atcsc/atcsc3-2006/index.phtml.fi ---------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 50. ---------------------------------------------------------------------- HYVÄÄ PIKKUJOULUJEN ODOTUSTA! toivottaa CSC:n kemistit ___________________________________________________________