====================================================================== Chemistry@CSC - nro 5/2007 Sisällys: 0. Hyvää kesää! 1. Uudet koneet ja poistuva kone 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 3. Ohjelmistouutiset 4. Apurahoja ja laskentaresursseja 5. CSC:n lehdet ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää kesää! Kesän aikana saatamme lomien vuoksi vastata kyselyihin tavallista hitaammin. Nopeaa vastausta vaativissa ongelmissa pyydämme ottamaan yhteyttä CSC:n HelpDeskiin (helpdesk@csc.fi, (09) 457 2821), joka auttaa ongelmissa läpi kesän. Kokoonpanossa on tapahtunut / tapahtuu nyt toukokuussa muutoksia. Johanna jää äitiyslomalle 30.5. alkaen, sijaisena toimii Jussi Ahokas, joka aloitti CSC:llä jo toukokuun puolivälissä. Kesäisin terveisin CSC:n kemian asiantuntijat Jussi Ahokas, jussi.ahokas@csc.fi Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Uudet koneet 1.1 Hae tunnusta Murskalle Uudelle HP-superklusterille voi jo hakea tunnuksia, vaikka kone onkin vielä pilottikäytössä. Tunnukset avataan samalla kun otetaan käyttöön mahdollisesti kesäkuun lopulla. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/murska_tunnus http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/murska_kayttoon 1.2. IBMSC poistuu käytöstä asteittain CSC:n laskentapalvelin IBMSC (ibmsc.csc.fi) poistuu käytöstä asteittain antaen tilaa uusille laskentapalvelimille. Kaksi IBMSC:n kahdeksasta p690-solmusta varataan pelkästään DEISA-koulutukseen 31.5.2007 mennessä. Solmujen tyhjennys alkaa noin viikkoa aiemmin. Toukokuun jälkeen IBMSC:stä jää käyttöön vielä kuusi p690-solmua eli yhteensä 192 prosessoria. Uuden superkoneen (louhi.csc.fi) käyttöönotto on lisännyt laitetilojen lämpökuormaa, joten vanhaa laskentakapasiteettia joudutaan vähentämään. IBMSC on tällä kokoonpanolla käytössä vähintään juhannukseen asti. Huoltosopimus on kuitenkin jo päättynyt. Koko IBMSC-laitteisto tulee poistumaan käytöstä loppukesällä 2007, josta tiedotetaan asiakkaita hyvissä ajoin ennen alasajoa. ----------------------------------------------------------------------- 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 2.1 HP Workshop for Murska Users 11. - 15.06.2007 This HP Workshop is aimed for the first users of Murska - CSC's new HP cluster system. The course will cover compiling, porting, profiling, and optimizing codes on Murska. Also the batch system and program development tools will be covered. Registration by 04.06.2007 at the latest!! Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/hpworkshop 2.2 NorduGrid ARC Tutorial 05.06.2007 at 09:00 - 15:30 The tutorial lectures and hands-on exercises introduce basic concepts of grid computing. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/NorduGrid_ARC_Tutorial_Spring2007 Note: register by 01.06.2007 23:55 at the latest! 2.3. Protein modeling with Discovery Studio 30.-31. 8. 2007 Kurssilla käydään läpi Discovery Studio -ohjelman käytön perusteet. http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/Courses_and_events/upcoming ----------------------------------------------------------------------- 3. Uudet ohjelmat 3.1 Uunituore versio 2.1.0 openbabalista on asennettu coronaan. Openbabelin saa käyttöön: use obabel 3.2 NAMD molekyylimallinnusohjelmisto on asennettu Louhelle Proteiinien ja muiden biologisten makromolekyylien simulointiin tarkoitettu NAMD on jo aiemmin ollut käytettävissä CSC:n Sepeli, Corona ja IBMSC-palvelimilla. Louhi tarjoaa nyt moninkertaisesti tehokkaamman laskentaympäristön NAMD-ohjelmalle NAMD pystyy käyttämään Louhen rinnakkaislaskentaympäristöä hyvin tehokkaasti. Testiajoissa ohjelma on parhaimmillaan saatu skaalautumaan jopa 512 laskentaytimelle. Skaalautuminen riippuu kuitenkin simuloitavasta systeemistä ja simulaation parametreista. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/namd http://www.csc.fi/tutkimus/Laskentapalvelut/laskenta/palvelimet/index_html NAMD-ohjelmisto on käytössä myös muissa eurooppalaisen DEISA gird projektin koneissa. DEISA:n resursseja myönnetään tutkijoille DECI-haun kautta (DEISA Extreme Computing Initiative). Vuoden 2007 hakukausi päätyy kesäkuun 30. päivä, ks. alla. ----------------------------------------------------------------------- 4. Apurahoja ja laskenta-resursseja 4.1 DEISA:lta resursseja suuriin laskennallisiin hankkeisiin Euroopan supertietokoneinfrastruktuurin, DEISA:n, kerran vuodessa järjestettävä DECI-haku (DEISA Extreme Computing Initiative) suurten laskennallisten hankkeiden ajamiseksi käynnistyy toukokuun alussa. DECI:n tarkoituksena on löytää, mahdollistaa sekä ajaa rajattu määrä laskennallisesti vaativia tai dataintensiivisiä sovelluksia eri tieteen ja teknologian aloilta. Hakemusten viimeinen jättöpäivä on 30.6.2007. DECI-hausta löytyy lisätietoa CSC:n ja DEISA:n sivuilta www.deisa.org. CSC:n asiantuntijat auttavat mielellään DECI-hakemuksen laatimisessa. Lisätietoja: Juha Fagerholm, p. (09) 457 2447, s-posti: juha.fagerholm at csc.fi Petri Nikunen, p. (09) 457 2923, s-posti petri.nikunen at csc.fi 4.2 NordForsk call for joint Nordic use of research infrastructure The overall aim of the NordForsk call for joint Nordic use of research infrastructure is to promote efficient co-operation between the Nordic countries, including the Baltic countries and NW Russia, in terms of research and researcher education of the highest international quality. This may include cooperation between academia and industry. The NordForsk budget for this activity is 15 million Norwegian Kroner (NOK) and each research project may receive a frame grant of minimum 0.5 and maximum 1 million NOK. Funding is allocated as a single event in late 2007. The proposed duration of activities is 1-3 years. Fore more information, please visit http://www.nordforsk.org/meny.cfm?m=142,351 ----------------------------------------------------------------------- 5. Uudet Lehdet 5.1 CSCNews on ilmestynyt 25.5. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/cscnews ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 32. ----------------------------------------------------------------------