====================================================================== Chemistry@CSC - nro 5/2009 Sisällys: 0. Paluu sorvin ääreen! 1. Murskan tyohakemistojen automaattinen siivoaminen 5.9.-> 2. Louhen käyttöjärjestelmä päivitetty: kääntäkää ohjelmat uudelleen 3. HPC-Europa2: rahoitusta tutkijavaihtoon 4. Tulevat kurssit ja tapahtumat 5. Ohjelmistouutiset 6. CSC rekrytoi 7. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Paluu sorvin ääreen. Vaikka rantakelejä vielä riittäisikin, alkaa enimmiltä olla lomat takana. Me CSC:n kemistitkin olemme taas paremmin paikalla, mutta pyydämme teitä edelleen käyttämään helpdesk@csc.fi -osoitetta tukipyynnöissä, jotta yhteydenotot ohjautuvat oikeille henkilöille ja tikettijärjestelmään. Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Murskalla automaattinen siivousskripti käyttöön 5.9. Murskan /wrk -levyalueella ($WRKDIR) otetaan käyttöön siivousskripti lauantaina 5.9.2009. Skripti poistaa /wrk -levyalueelta kaikki 180 päivää vanhemmat tiedostot. Hipulla ja Louhella siivousskriptit ovat jo käytössä. Lisää tietoa ja ohjeita: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/murskan_siivousskripti ----------------------------------------------------------------------- 2. Kääntäkää omat ohjelmanne Louhella uudelleen Louhen käyttöjärjestelmä päivitettiin alkuviikosta CLE2.1:stä CLE2.2:seen huollon yhteydessä. Käyttöjärjestelmäpäivityksen myötä ohjelmat olisi hyvä kääntää (tai vähintään linkittää) uudestaan. ----------------------------------------------------------------------- 3. HPC-Europa2 -ohjelmasta rahoitusta tutkijavaihtoon Ohjelma myöntää rahoitusta (matkat, majoitus, päiväraha) tutkijoiden kutsumiseen lyhyeksi ajaksi (2 viikkoa - 3 kk) tai mahdollistaa vierailun toiseen osallistuvaan maahan. Seuraavat haku-deadlinet ovat: Elokuun 31. päivä Marraskuun 30. päivä Lisätietoja: http://www.csc.fi/yhteistyo/e-infra/hpc-e2 http://www.hpc-europa.eu/ ----------------------------------------------------------------------- 4. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 4.1 CSC Primer, 30.8.2009, at CSC The course introduces scientists to CSC's server environment. The course is aimed for those with no prior UNIX/Linux experience. The main focus will be on hands-on examples. After the course, the participant should be able to use effectively use all CSC's services. Registration (by 26.8. at the latest!) and more info: https://wwwk.csc.fi/english/csc/courses/archive/primer-f2009 CSC Primer on Suurteholaskennan kurssikokonaisuuden ensimmäinen osa: http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/hpc-09-10 4.2 CUDA for scientific computing 10.-11.09.2009, at CSC This course is an introduction to programming with the powerful general-purpose graphics processing units (GPGPU) using Cuda and OpenCL languages. Learn CUDA and write your fastest program ever! Registration (by 3.9. at the latest) and more info: http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/cuda09 4.3 MD Simulations - Desmond Application Examples, 18.9.2009, at CSC. The hands-on workshop will teach you to set up Desmond simulations with Maestro for simple protein and membrane systems, free energy perturbation jobs, basic trajectory analysis, importing Desmond trajectories into VMD and submitting jobs to clusters. Registration (by 10.9. at the latest) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/desmond_2009 4.4 Gaussian workshop 29.-30.9.2009 - ilmoittaudu! Gaussian workshop pidetään 29.-30.9. CSC:llä. Luennoitsijana kurssilla toimii Prof. Mike Bearpark of Imperial College of Science, Technology, and Medicine (London). Lisätietoja kurssista (18.9. mennessä) ja ilmoittautuminen: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/gaussian09 4.5 16th EuroPVM/MPI 2009 Users' Group Meeting. September 7 - 10, at Espoo The meeting discusses the development of PVM (Parallel Virtual Machine) and MPI (Message Passing Interface) methods. REGISTRATION FEES Regular: 600 EUR (incl. lunches, coffees, lectures, social events, proceedings) Student, last month special offer: 150 EUR (incl. lunches, coffees, lectures) More info: http://www.csc.fi/english/pages/pvmmpi09/welcome Registration (by 27.8. at the latest!): http://www.csc.fi/english/pages/pvmmpi09/registration 4.6 EMBRACE-ENFIN workshop "Expression, interactions and system level modeling", Helsinki Oct 5-6, 2009 The workshop will cover the latest advances in the field of systems biology, including tools and databases. Registration is free of charge. More information: http://www.enfin.org/page.php?page=embrace_enfin 4.7 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 5 Ohjelmistot 5.1 Discovery Studio 2.5 ladattavissa Discovery Studio proteiinimallinnusohjelmiston uusin versio (2.5) on nyt ladattavissa CSC:n Tutkijan käyttöliittymässä osoitteessa: https://hotpage.csc.fi/appl/molbio/dl.phtml.en Lisätietoja Discovery Studion uusista ominaisuuksista, laitteistovaatimuksista sekä ohjelman asentamisesta löytyy CSC:n Discovery Studio -sivulta: http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/ds 5.1 Mitä ohjelmistoja käytettävänä ensi vuonna ja sen jälkeen? Tripos Sybyl, Schrödinger Maestro ja Symyx ISIS/Base ohjelmistojen (konsortio)sopimukset päättyvät tämän vuoden lopussa. Käyttäjäkar- toitus on vielä menossa, joten voit halutessasi vielä antaa niistä palautetta. Näitä ohjelmistoja tarjotaan käyttäjille konsortiopohjalta, jolloin tutkimusryhmä tai koko yliopisto osallistuu kustannuksiin. 5.2 Maestro 2009 Suiteen ensimmäinen päivitys Ensimmäinen päivitys Schrödinger Suite 2009:een on ladattavissa tutkijan käyttöliittymästä. Uusi versio asennetaan pian myös Hippuun, josta se on käytettävissä graafisella yhteydellä. Lataa uusi versio Tutkijan käyttöliittymästä: https://hotpage.csc.fi/appl/chem/downloads/schrodinger/index.phtml.en Uutta Maestrossa: http://www.schrodinger.com/Docs/Schrodinger_Suite2009-Update1_Improvements.pdf 5.3 Gromacs päivitetty Louhella ja Murskalla versioon 4.0.5 Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/gmx_405_fi 5.4 Gaussian09 asennettu Hippuun ja Murskaan Ohjeita käyttöön: http://www.csc.fi/english/research/software/gaussian 5.5 ICDD-tietokannat Selvitämme paraikaa kiinnostusta ICDD-tietokantojen kansalliseen yhteishankintaan. Lisätietoja Johannalta. 5.6 SOMA2 1.2 Sodium otettu käyttöön tutkijan käyttöliittymässä SOMA2 mallinnusympäristön uusin versio 1.2 Sodium julkaistiin kesäkuussa. Uusin versio on nyt käytettävissä myös tutkijan käyttöliittymän kautta. Mukana on uusia ominaisuuksia, parannuksia ja korjauksia. Lisäksi Gaussian09 ohjelma on nyt käytettävissä SOMA2:n kautta. Lisätietoja julkaisusta: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/soma2_sodium_20090625 ----------------------------------------------------------------------- 6. CSC Rekrytoi CSC hakee tällä hetkellä joukkoonsa mm. data- ja järjestelmäasiantuntijaa. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 7. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 7.1 Tieteen tietotekniikka, uusin numero 2/2009: http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2009/2 7.2 @CSC ilmestyy artikkeli kerrallaan Kuuminta hottia tällä hetkellä: *CSC:n koulutusluokka uusittu: koneissa GPGPU-kortit http://www.csc.fi/sivut/atcsc ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 39. ----------------------------------------------------------------------