====================================================================== Chemistry@CSC - nro 6/2006 Sisällys: 0. Mallikasta joulunodotusta 1. CSC:n uudet superkoneet Louhi ja Murska 2. CSC:n www-sivut uudistettu 3. Tulevat kurssit 4. Ohjelmistouutisia 5. Tietokantauutisia 6. Uudet lehdet ---------------------------------------------------------------------- 0. Mallikasta joulunodotusta Joulu tulee taas kerran... Pyydämme käyttämään joulun alla yleisiä postiosoitteita, kuten helpdesk@csc.fi, jotta vastaukset eivät lomien takia viipyisi. Jouluterveisin, CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Mikael Johansson, mikael.johansson@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ---------------------------------------------------------------------- 1. CSC:n uudet superkoneet Louhi ja Murska Uusien koneiden nimet on päätetty: Cray XT4 superkone on nimetty Louheksi ja HP Opteron superklusteri Murskaksi. Koneiden asentamis- aikataulua voi seurata suoraan www-sivuiltamme: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/superkoneen_kayttoonotto Koneista on juttu myös uusimmassa Tietoyhteydessä (ks. mailin loppu) Myös Sepeli uudistui hieman hiljattain; nopea InfiniBand-verkko on nyt kaikkien asiakkaiden käytössä ilman erikoisjärjestelyjä. Jotta rinnakkaisohjelmistot hyötyisivät tästä on ne käännettävä IB-tuki aktivoituna. ---------------------------------------------------------------------- 2. WWW-sivut uudistettu Kemian sivut löytää nyt osoitteesta: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry Joiltakin vanhoilta sivuilta on uudelleenohjaus nykyisille (esim. www.csc.fi/chem). Olemme tehneet parhaamme kaiken oleellisen sisällön siirtämisessä uusille sivuille, mutta jos huomaat puutteita tai sinulla on kehitysehdotuksia, otamme niitä mielellämme vastaan. Lisää tietoa uudistuksesta: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/uutiset/www-uudistus_2006-12-11 ---------------------------------------------------------------------- 3. Kursseja 3.1 Kursseja ensi vuodelle Otamme mielellämme vastaan toiveita ensi vuonna järjestettävistä kursseista. Mikäli sinulla on ehdotuksia, niin lähetä ne meille mahdollisimman pian, vaikkapa sähköpostitse. Lyhyt kuvaus kurssin hyödyllisyydestä olisi myös mukava! 3.2 Gromacs Workshop 27.2.-1.3.2007 Gromacs-kurssi täyttyi ilmoittautuneista reilussa viikossa. Mikäli jäit ilman kurssipaikkaa, voit vielä kysellä peruutuspaikkoja lähempänä helmikuuta. Kurssin luennot videoidaan ja niitä voi katsella kurssin jälkeen verkosta. Kurssin sivut: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/courses/gmx2007 3.3 Menneitä kursseja: CPMD-kurssimateriaali CPMD-kurssin 24.-25.10. materiaali löytyy netistä. Sekä luento- materiaali että esimerkit ovat katseltavissa. https://extras.csc.fi/chem/courses/cpmd Muita kursseja: http://www.csc.fi/csc/kurssit ---------------------------------------------------------------------- 4. Ohjelmistouutisia 4.1 Schrödinger-evaluointi jatkuu vielä vuoden vaihteeseen Schrödinger-ohjelmistoa on mahdollista evaluoida CSC:n kautta joulukuun loppuun. Kemistejä Schrödingerin paketista kiinnostanee ainakin Jaguar -ab initio elektronirakennepaketti. Jos olet kiinnostunut ohjelmiston käytöstä jatkossakin, ota meihin yhteyttä. Lisää Schrödingeristä: http://www.schrodinger.com 4.3 MOE-evaluointi käynnissä tammikuun loppuun MOE-ohjelmistoa on mahdollista evaluoida CSC:llä tammikuun loppuun. Lisää evaluoinnista: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/MOE/MOE Lisää MOE:sta: http://www.chemcomp.com 4.3 NAMD 2.6 Sepeliin NAMD 2.6 on asennettu Sepeliin. Se on käännetty InfiniBand-tuella, joten isoilla systeemeillä se skaalautuu hyvin 32-64 ytimeen asti. Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/namd 4.4 GOLD 3.1.1 bugikorjaus GOLD päivitettiin versioon 3.1.1 Sepelissä. Aikaisempaan versioon 3.1 nähden tässä lähinnä korjattiin bugeja, mm. PDB-tiedostojen lukuun liittyvää. Uusi versio toi mukanaan mm. proteiinien jouston huomiointimahdollisuuden sekä hemiryhmiä sisältävien proteiinien paremman mallinnuksen. Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/gold ---------------------------------------------------------------------- 5. Beilstein ja Gmelin-tietokantakäyttö siirtyi Elsevier MDL:n tietokantapalvelimelle MDL CrossFire (Beilstein- ja Gmelin-tietokantakäyttö siirtyi joulukuun alusta kaikissa konsortioinstituutioissa kokonaan Elsevier MDL:n tietokantapalvelimelle, eli vanha corona.csc.fi pitää viimeistään nyt vaihtaa uuteen. Lisätietoja muutoksesta joka käyttäjien pitää viimeistään nyt tehdä: http://www.csc.fi/english/research/software/mdl_crossfire ---------------------------------------------------------------------- 6. Uudet lehdet Tietoyhteys 4/2006 Mm. Louhi ja Murska, YeastBAse. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tietoyhteys/ @CSC 4/2006. Mm. verkkoyhteyksien virittämistä. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/atcsc ---------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 3. ---------------------------------------------------------------------- O // HYVÄÄ JOULUA! / | / \ toivottaa CSC:n kemistit ~~~~~ | . . | ( ^ ) | V | _-----_____________________________________________________