====================================================================== Chemistry@CSC - nro 6/2007 Sisällys: 0. Iloista syksyn alkua! 1. Uudet koneet ja poistuva kone 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 3. Ohjelmistouutiset 4. CSC:n lehdet ---------------------------------------------------------------------- 0. Iloista sysksyn alkua! Kesä on takanapäin ja toiminta jälleen täydessä vauhdissa. Syysterveisin CSC:n kemian asiantuntijat Jussi Ahokas, jussi.ahokas@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Uudet koneet 1.1 Hae tunnusta Murskalle Etenkin sepeli-käyttäjien kannattaa siirtyä käyttämään HP-superklusteria (murska.csc.fi). Ohjeet käyttäjätunnuksen hakemiseen Murskalle löytyvät sivulta: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/murska_tunnus 1.2 Murskan ympäristö erilainen kuin Sepelin Murskassa sovellukset alustetaan 'module' -komennolla ja erätyöt lähtetään 'bsub' -komennolla: module avail module load turbomole bsub < ajoksripti.job HUOM. Muista käyttää hakasta < bsub-komennossa. Murskan käyttöopas löytyy www:stä: http://www.csc.fi/english/pages/murska_guide 1.3. Sepeli poistuu käytöstä asteittain Sepeli varataan lokakuun alusta 2007 erillissopimuksen mukaisesti osittain CERNin LHC-projektin käyttöön. Nykyiseen asiakaskäyttöön jää puolet Sepelin prosessoreista eli 256 suoritinydintä. Sepeli siirtyy ensi keväänä kokonaan LHC-projektin käyttöön. Sepeliä korvaamaan on hankittu samaan laitteistoarkkitehtuuriin perustuva mutta huomattavasti tehokkaampi laitteisto Murska, jossa on 2048 suoritinydintä. ----------------------------------------------------------------------- 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 2.1 PERCH NMR-software course 19.-20.11.2007, University of Jyväskylä. The course will present the capabilities and use of PERCH NMR software by means of lectures and hands-on-tutorials. Especially during the second day more advanced topics will be covered. You can also bring you own spectra with you to be analysed during the course. Registration by 05.11.2007 17:00. Registration and more information: http://www.csc.fi/csc/kurssit/perch_2007 2.2 Parallel programming with MPI 25.-26.10.2007 This course is an introduction to parallel programming with MPI (message passing interface) paradigm. The participants should possess a basic knowledge of either Fortran or C/C++ programming language. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/mpi2007 2.3 Running Gromacs in Grid 14.-15.11. CSC will organise a workshop to show how to run Gromacs jobs in MGrid and other NorduGrid clusters. The hands on examples are chosen to illustrate how to use simultaneous serial simulations effectively. Gromacs developers and Grid specialists are available to answer your questions. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/Grid-gmx07 ----------------------------------------------------------------------- 3. Uudet ohjelmat Näiden lisäksi monia bioinformatiikan sovelluksia ja muita työkaluja on asennettu Murskalle. Katso lisää http://www.csc.fi/chem/programs tai anna Murskassa komento 'module avail'. 3.1 ADF2007 on asennettu Murskalle Uusin versio ADF/BAND-ohjelmistosta on asennettu Murskalle. Lisenssi kattaa myös graafisen käyttöliittymän (ADF-GUI) jolla voi näppärästi luoda syöttötiedostoja ja tutkia laskettuja tuloksia. ADF-GUI:ta voi käyttää joko suoraan Murskalta tai vaihtoehtoisesti asentaa omalle koneelle. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/adf 3.2 TURBOMOLE 5.91 asennettu Murskalle Bugikorjattu versio TURBOMOLE-ohjelmistosta on asennettu Murskalle. Merkittävimmät muutokset ovat E-symmetriabugin korjaus sekä siirtyminen käyttämään HP-MPI viestinvälityskirjastoa. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/turbomole 3.3 Gaussian 03 asennettu Murskalle Gaussian 03 (RevD.02) on käytettävissä Murskalla. Gaussian-työ käynnistetään komennolla: subg03 aika työtiedosto. Aika annetaan muodossa hh:mm ja työtiedosto ilman päätettä (.com). Murskalla prosessorien lukumäärää ei tarvitse syöttää komentorivillä. Ajoskripti käy tarkistamassa prosessorien lukumäärän työtiedostosta. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/gaussian 3.4 Materials Studio 4.2 ladattavissa ja asennettu Murskalle Materials Studiosta on ilmestynyt uusi versio, joka on ladattavissa omalle koneelle Tutkijan käyttöliittymästä. Ohjelman serverikomponentit on myös asennettu Murskalle, jossa niitä voi käyttää 'standalone' -sovelluksina. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/materialsstudio Materials Studion Synthia-moduulille on hankittu evaluaatiolisenssi. Lisenssillä on mahdollisuus testata moduulia 14 lokakuuta asti. Synthia-moduulilla on mahdollista tehdä nopeita arvioita polymeerien ominaisuuksista käyttäen empiirisiä ja semiempiirisiä menetelmiä. Evaluaatiolisenssitiedustelut: jussi.ahokas@csc.fi 3.5 Sybyl v7.3 on asennettu Murskalle Sybyl v7.3 on asennettu Murskalle. Sybylin käyttö on sallittu vain Tripos-konsortion jäsenille. Sybylin käyttämiseksi on ladattava module komennolla: module load sybyl Murskalla on suositeltavaa ajaa Sybyliä interaktiivisesti komennolla: bsub -I xterm -e sybyl Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/sybyl ----------------------------------------------------------------------- 4. Uudet Lehdet 4.1. @CSC on ilmestynyt 25.9. http://www.csc.fi/sivut/atcsc Liity samalla @CSC-verkkolehden tilauslistalle 4.2 Tietoyhteys on ilmestynyt 26.9. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tietoyhteys ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 45. ----------------------------------------------------------------------