====================================================================== Chemistry@CSC - nro 7/2007 Sisällys: 0. Joulu lähestyy ja CSC:llä tapahtuu! 1. Muutoksia laskentaympäristössä 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat 3. Ohjelmistouutiset 4. CSC:n lehdet ---------------------------------------------------------------------- 0. Joulu tulee ja CSC:llä tapahtuu! CSC:n kemian palvelut toivottaa tutkijoille hyvää joulua ja ratkiriemukasta uutta vuotta 2008! Lumettomin terveisin CSC:n kemian asiantuntijat Jussi Ahokas, jussi.ahokas@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Muutoksia laskentaympäristössä 1.1 Corona-käyttäjien kannattaa siirtyä Murskalle ja Louhelle Laskentapalvelin Coronan käyttötunnit alkavat lähestyä loppuaan ja vuoden 2008 alussa se tulee menettämään osan laskentakapasiteetistaan. Corona-käyttäjien on nyt aika aloittaa siirtyminen CSC:n uusille laskentapalvelimille Murskalle (murska.csc.fi) ja Louhelle (louhi.csc.fi). Suurin osa Coronalla käytettävistä ohjelmistoista on jo asennettu Murskalle ja lisää asennetaan edelleen. Corona-käyttäjät saavat käyttöoikeuden Murskalle pyytämälle sitä sähköpostitse osoitteesta usermgr@csc.fi. Asiakastiedote englanniksi: http://www.csc.fi/english/csc/news/customerinfo/corona_transfer 1.2 Murskalle lisää laskentakapasiteettia Murskaan on asennettu 32 uutta solmua, joissa on yhteensä 128 ydintä. Kutakin ydintä kohti on 8 GB muistia, joten yhden solmun maksimimuisti on kasvanut 32 GB:n (4 * 8 GB). Tästä on erityisesti hyötyä ohjelmistoille, jotka käyttävät vain jaettua muistia - mm. Gaussian03. Lisää Murskan päivityksestä: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/murskaan-lisaetehoa Gaussianin suorituskykytesteistä Coronalla ja Murskalla voi lukea lisää täältä: http://www.csc.fi/sivut/atcsc/arkisto/atcsc3_2007/ohjelmistot_html/gaussian_Murskalla 1.3 Murskan ympäristö erilainen kuin Coronan ja Sepelin Murskassa sovellukset alustetaan 'module' -komennolla ja erätyöt lähtetään 'bsub' -komennolla: module avail module load turbomole bsub < ajoskripti.job Murskan käyttöopas löytyy www:stä: http://www.csc.fi/english/pages/murska_guide ----------------------------------------------------------------------- 2. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 2.1 GPAW-course 14.-15.1. 2008 at CSC GPAW is an efficient program package for electronic structure calculations based on the density functional theory and projector augmented wave (PAW) method. The program uses real-space formalism which allows flexible boundary conditions and efficient parallelization. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/gpaw-2008-01 2.2 Sybyl course 26.-27.2.2008 at CSC Jos haluat vaikuttaa kurssin sisältöön, voit ehdottaa aiheita (2-3) sähköpostitse osoitteeseen jussi.ahokas@csc.fi 31.12.2007 mennessä. If you want to contribute to the content of the course, please, send 2-3 topics by email to jussi.ahokas@csc.fi by 31.12.2007. Kurssiaiheita / Course topics: http://www.tripos.com/index.php?family=modules,SimplePage,show_class More information and registration available later. 2.3 Parallel programming with MPI 13.-14.2.2008 at CSC MPI is a library used especially in parallel supercomputers. The participants should possess a basic knowledge of either Fortran or C/C++ programming language. Registration and more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/mpi2008_1 ----------------------------------------------------------------------- 3. Uudet ohjelmat ja muita ohjelmistouutisia Näiden lisäksi monia bioinformatiikan sovelluksia ja muita työkaluja on asennettu. Katso lisää http://www.csc.fi/chem/programs tai anna Murskassa komento 'module avail'. 3.1 Molden 4.6 asennettu Murskalle Molden on molekyylien rakennus- ja visualisointiohjelma. Sen avulla voi myös tarkastella molekyylimallinnusohjelmien tuloksia: orbitaalit, molekyylivärähdykset yms. Gaussian työn voi valmistella ja myös lähettää eräajojonoon Moldenin avulla. Lisää Moldenista: http://www.csc.fi/english/research/software/molden 3.2 Tinker 4.2 on asennettu Murskalle Tinker on molekyylimekaniikkaa ja -dynamiikkaa hyödyntävä molekyylimallinnusohjelmisto. Tinker on käytettävissä sekä komentoriviltä että graafisen käyttöliittymän (FFE - Force Field Explorer) kautta. Tinkerin optimointimoduleita voidaan käyttää myös Moldenista käsin. Lisää Tinkeristä: http://www.csc.fi/english/research/software/tinker-42 3.3 Oulun yliopisto mukaan Beilstein-Gmelin-tietokantakonsortioon Oulun yliopisto on liittynyt mukaan Beilstein-Gmelin-tietokantakonsortioon. Konsortion jäsenyys mahdollistaa Beilstein- ja Gmelin-tietokantojen käytön Oulun yliopistossa. Nyt konsortiossa on mukana kahdeksan yliopistoa ja korkeakoulua. Beilstein on maailman laajin orgaanisen kemian tietokanta. Gmelin sisältää puolestaan epäorgaanisen kemian tietoja. Farmakologian, toksikologian ja ekologisen kemian tietoja sisältävä EcoPharm-tietokanta sisältyy Beilstein-tietokantaan. Lisätietoa tietokannoista CSC:llä: http://www.csc.fi/english/research/software/mdl_crossfire Lisätietoja: jussi.ahokas@csc.fi 3.4 PERCH NMR -ohjelmiston lisenssi uusittava CSC:n ja PERCH:in yhteistyö jatkuu myös vuonna 2008. Kaikki akateemiset käyttäjät Suomessa saavat käyttöönsä PERCH NMR ohjelmiston (Standalone Professional Edition) myös vuodelle 2008. Päivitetyn version voi ladata CSC:lta tammikuun puolen välin jälkeen. Uuden lisenssin saat suoraan Matthias Niemitziltä osoitteesta: contact@perchsolutions.com 3.5 Molpro 2006.1 on asennettu Murskalle Molpro on monipuolinen kvanttikemiallinen ohjelmisto, jonka erityispiirteinä voidaan mainita erittäin nopea Coupled Cluster -implementaatio, sekä monipuoliset multireferenssi-menetelmät. Uusimmasta versiosta löytyy mm. density fitting (resolution of the identity) versiot HF, DFT ja MP2 menetelmille, sekä DFT-SAPT. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/molpro 3.6 Viewmol on asennettu Murskalle Viewmol on visualisointiohjelma jolla voi suoraan analysoida mm. TURBOMOLE-ohjelmistolla laskettuja molekyylirakenteita, elektronitiheyksiä ja värähdysspektrejä. Viewmol-ympäristö asetetaan komennolla "module load viewmol", ja ohjelma käynnistyy komennoilla "viewmol". 3.7 CSD asennettu Murskalle Cambridge Crystallographic Databasen saa käyttöön module load ccdc. Uutta versiota ei enää päivitetä Coronalle ja se lakkaa toimimasta maaliskuun lopussa. Lisätietoa: http://www.csc.fi/english/research/software/csd ----------------------------------------------------------------------- 4. Uudet Lehdet 4.1. @CSC on ilmestynyt 27.11. http://www.csc.fi/sivut/atcsc Liity samalla @CSC-verkkolehden tilauslistalle 4.2 Tietoyhteys 4/2007 on ilmestynyt. http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tietoyhteys ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 4. ----------------------------------------------------------------------