====================================================================== Chemistry@CSC - nro 8/2009 Sisällys: 0. Hyvää joulua ja uutta vuotta! 1. Louhen siivousskriptit 180d -> 90d 2. ssh-avainten käyttö muuttuu 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat 4. Ohjelmistouutiset 5. CSC rekrytoi 6. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Hyvää joulua ja uutta vuotta! Kalenterivuosi alkaa olla lopuillaan ja kohta päästään tekemään lupauksia uusista mullistavista tutkimustuloksista ensi vuodelle. CSC:n kemistit kiittävät yhteistyöstä sekä positiivisesta palautteesta ja toivottavat rentouttavaa vuodenvaihdetta kaikki tutkijoille! Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Louhen siivousskriptiä aikaistettu Aiemmin siivousskriptit poistivat Murskan ja Louhen $WRKDIR -hakemistoista 180 päivää vanhemmat tiedostot. Koska levytila uhkaa loppua tästä huolimatta, on tiedostojen säilytysaikaa lyhennetty 90 päivään. Katso ohjeita levytilan käyttöön ja tiedostojen säilytykseen: http://www.csc.fi/tutkimus/tallennus/tiedostojen_sijoitus ----------------------------------------------------------------------- 2. ssh-avainten käyttö muuttuu Jatkossa salaamattomia ssh-avaimia ei saa käyttää yhteyksiin eri koneiden välillä. Tämän on tarkoitus tehdä eri koneille murtautumista vaikeammaksi. Lisätietoa ja ohjeita vaihtoehdoista asiakastiedotteessa: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/ssh_avaimet_kielletty 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 3.1 Calculating molecular properties with ORCA 12.-13.1.2010 at CSC ORCA is a flexible, reasonably efficient and easy-to-use general purpose tool for quantum chemistry. The workshop teaches how to calculate a number of properties with accurate methods. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/orca 3.2 Molecular electronic excitations with Turbomole 14.1.2010 at CSC The workshop will teach the use of accurate but cost effective methods to calculate e.g. optical properties with Turbomole in the CSC environment. No prior experience with Turbomole will be needed. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/tm-10 3.3 Advanced parallel programming, 18.-21.1.2010 at CSC This course is a sequel to the CSC course "Introduction to parallel programming". Its contents include more advanced features of the message passing interface (MPI) paradigm, shared memory parallelization model, as well as parallel numerical libraries and writing efficient parallel I/O. Registration by 13.01.2010, more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/app10 3.4 CUDA and OpenCL for scientific computing 1.-2.2.2010 at CSC Learn CUDA and write your fastest program ever! Registration by 26.01.2010, more information: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/cuda10 3.5 International Workshop on Coarse-Grained Biomolecular Modeling 7-12th March, in Levi The title workshop is organised by the Computational Soft Matter Group from HUT and supported by CSC and the National Graduate Schools of Materials Physics and Nanosciences. Registration and more information: http://tfy.tkk.fi/soft/levi2010/program.htm 3.6 CSC Summer School in Scientific and High-Performance Computing June 12.-20. 2009, in Nuuksio, Solvalla CSC Summer School brings together undergraduate and graduate students and postdoctoral researchers in different disciplines of scientific computing. The contents consist of lectures and hands-on training on parallel programming, code optimization and advanced usage of popular scientific programs. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/pages/hpc/summerschool 3.7 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 4 Ohjelmistot http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/programs 4.1 Materials Studio 5.0 ladattavissa ja asennettuna Hippuun ja murskaan. Materials Vizualiser toimii vain Windows-koneessa, mutta joitakin raskaampia töitä voi ajaa server- komponenteilla erityisesti Murskalla. Tarkemmat ohjeet: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/MS-files/standalone_murska 4.2 Accelrys-lisenssi 2010 Accelrys-ohjelmien lisenssi vuodelle 2010 on tilattu ja otettu jo käyttöön. Lisenssi koskee ohjelmistoja Materials Studio ja Discovery Studio. Lisenssin päivitys ei vaadi käyttäjiltä toimenpiteitä. Materials Studion lisenssi on samanlainen kuin viime vuonna. Discovery Studion lisenssissä on joitakin muutoksia. Vuoden 2009-lisenssit ovat: Discovery Studio DS_ANALYSIS DS_BIOPOLYMER DS_CHARMM DS_LIGANDFIT DS_MODELER DS_PROTEIN_FAMILIES DS_PROTEIN_HEALTH DS_PROTEIN_REFINE DS_SEQUENCE_ANALYSIS DS_STANDALONE_BUNDLE Materials Studio MS_ADSORPTION_LOCATOR MS_AMORPHOUS_CELL MS_BLENDS MS_CASTEP_INTERFACE MS_CASTEP_PARALLEL MS_COMPASS_PARALLEL MS_CONFORMERS MS_DISCOVER_PARALLEL MS_DMOL3-SOLID_STATE_PARALL MS_DMOL3_INTERFACE MS_FORCITE_PLUS MS_GAUSSIAN_INTERFACE MS_GULP_INTERFACE MS_GULP MS_MORPHOLOGY MS_MOTIF MS_QSAR MS_REFLEX MS_VAMP_INTERFACE MS_VAMP MS_VISUALIZER Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/accelrys_2010 Lisätietoja Accelrys -ohjelmistoista: http://www.csc.fi/english/research/software/materialsstudio http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/ds 4.3 Graafinen etäkäyttö Hipuilta Hipun tehokkaiden näytönohjaimien ja HP:n etäkäyttöohjelman avulla graafinen käyttö Hipulta on yhtä nopeaa kuin omalta koneelta - tai nopeampaa. Hipulla on näytönohjaimien lisäksi paljon yhteistä muistia ja paljon valmiita ohjelmistoja. Palvelun saa käyttöön lähettämällä sähköpostia osoitteeseen: remotegraphics@csc.fi Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/hippu_etakaytto 4.4 Maestro-käyttö jatkuu konsortiona vuonna 2010 Maestron testikäyttö päättyy vuoden lopussa, parin viikon päästä. Jos haluat jatkaa muuta kuin yleisesti akateemiseen käyttöön ilmaiseksi jaettavia ominaisuuksia (osa Maestro -käyttöliittymästä ja Desmond) ota yhteyttä Atteen. Konsortion jäsenille tiedotetaan uusista käyttö- ohjeista suoraan. Lisensoitujen osien käyttö omalta koneelta tai esim. Murskalta on jatkossa sallittu vain konsortion jäsenille 4.5 ISIS/Base -konsortio päättyy vuoden lopussa Vuoden lopussa kaikki ISIS/Base -asennukset omilta koneilta tulee poistaa. ISIS/Draw tai Symyx/Draw -tiedostoja voi jatkossa käyttää akateemiseen käyttöön ilmaisella ohjelmalla, jonka voi ladata täältä: http://www.symyx.com/micro/getdraw/ Viimeistään nyt kannattaa paikalliset ISIS/Base -tietokannat muuntaa Excel-formaattiin (tai muuhun) jota voi käyttää ilman Symyxin lisenssiin kuuluvia ohjelmia. ----------------------------------------------------------------------- 5. CSC Rekrytoi Tällä hetkellä ei ole avoimia työpaikkoja, mutta alla olevasta linkistä näkyy viimeisin tilanne: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 6. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 6.1 Tieteen tietotekniikka: http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2009/3 ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 5. ----------------------------------------------------------------------