====================================================================== Chemistry@CSC - nro 6/2008 Sisällys: 0. Tehokasta alkanutta talviaikaa! 1. Louhi päivitetty ja Murska jauhaa täysillä 2. Coronan tilalle uusi palvelin 3. DMol3-bugi ja Accelrys lisenssien uusiminen vuodelle 2009 4. Asiakkaiden sähköpostipalvelu päättyy 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat 6. Ohjelmistouutiset 7. CSC rekrytoi 8. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Tehokasta alkanutta talviaikaa! Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat Johanna Blomqvist, johanna.blomqvist@csc.fi Nino Runeberg, nino.runeberg@csc.fi Atte Sillanpää, atte.sillanpaa@csc.fi http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Louhi päivitetty ja lisää kapasiteettia tulossa 1.1 Louhen teho nousi 86,7 Tflop/s kun uudet osat liitettiin siihen. Käyttöjärjestelmän päivityksen vuoksi vanhat ohjelmat pitää kääntää uudelleen. CSC avustaa käännöksissä. Uuden kapasiteetin myötä myös pienempiä töitä saa ajoon. Nyt työn tulee käyttää vähintään 32 ja enintään 2048 ydintä. Lisää laajennuksesta: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/louhiupgrade5_08102008 Louhelle saat käyttäjätunnuksen lähettämällä mailia usermgr@csc.fi. Louhella eniten käytetyille ohjelmistoille on jo tehty skaalautuvuus- testit, eikä niitä tarvitse tehdä uudelleen, jos olet tyytyväinen seuraaviin rajoihin: http://www.csc.fi/tutkimus/Laskentapalvelut/laskenta/palvelimet/louhen_skaalautuvuustestit 1.2 Louhella käyttökatko 7.11.- CSC ja Louhi valittiin Euroopan superkonekeskusten joukosta uuden Cray supertietokoneen prototyypin sijoituspaikaksi. Louhen teho nousee yhteenlaskettuna noin 100 Tflop/s. Asennuksesta aiheutuu muutaman päivän katko koneen käyttöön. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/louhiupgrade6_28102008 ----------------------------------------------------------------------- 2. Coronan tilalle päätetty hankkia uusi palvelin CSC on päättänyt hankkia kaksi 32 ytimistä Linux-palvelinta korvaamaan Coronan interaktiivista kapasiteettia. Uuden palvelimen käyttöönotosta tiedotetaan tarkemmin loppuvuodesta. ----------------------------------------------------------------------- 3. DMol3-bugi ja Accelrys lisenssien uusiminen vuodelle 2009 3.1 Bugi DMol3:ssa DMol3 lakkaa toimimasta kuun lopussa ohjelman virheen vuoksi. Tämä voidaan korjata vain asentamalla ohjelma uudestaan. Voit joko asentaa kokonaan uuden version Materials Studiosta (4.3) tai vaihtaa pelkät DMol3 -binäärit (DMol3.exe ja DMol3_mpi.exe). Tarkemmat ohjeet löytyvät Tutkijan käyttöliittymästä: https://hotpage.csc.fi/appl/chem/downloads/MS 3.2 Materials Studio 4.3 ladattavissa Uusi versio on ollut olemassa jo jonkin aikaa, mutta siinä on varsin vähän uusia ominaisuuksia CSC:n lisensoimiin moduleihin. Seuraava versio 4.4. on valmistumassa pian, ja se sisältää merkittäviä uudistuksia. Version 4.3 parannukset (release notes) ja lataus Tutkijan Käyttöliittymästä (linkki yllä). 3.3. Accelrys ohjelmien lisenssiä vuodelle 2009 valmistellaan Accelrys-ohjelmien (Materials Studio, Discovery Studio ja InsightII) vuoden 2009 lisenssiä koskevat neuvottelut ovat alkaneet. Vuoden 2009 lisenssi tulee olemaan paljolti tämän vuoden kaltainen, mutta joitakin muutoksia on luvassa. InsightII poistuu Vanha InsightII -ohjelma poistuu CSC:n lisenssivalikoimasta. Vuosi 2009 on todennäköisesti viimeinen, jolloin insightII on käytössä. Nyt kannattaa siis viimeistenkin InsightII-käyttäjien siirtyä uudemman Discovery Studio -ohjelmiston käyttöön. Muutoksia modulivalioimassa: ZdockPro poistuu Osa ohjelmistomoduleista on lisensoitu vain vuodeksi kerrallaan. Tämä mahdollistaa modulivalikoiman muokkaamisen tarpeen mukaan. Proteiini-proteiini -telakointiin käytettävä ZdockPro-moduli todennäköisesti poistuu vuoden 2009 lisenssistä, sillä sen käyttö on ollut hyvin vähäistä. Ehdotukset uusista tarpeellisista moduleista Materials Studio tai Discovery Studio -ohjelmiin ovat tervetulleita. ---------------------------------------------------------------------- 4. Asiakkaiden sähköpostipalvelu päättyy ma 3.11.2008 Lisätietoa asiasta: - @CSC-lehdessä 3/2008 http://www.csc.fi/sivut/atcsc/tiedotteet/asiakas_sahkopostit - sekä 22.9.2008 julkaistuissa www-tiedotteissa (suomi ja engl.) http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/asiakas_sahkopostit_poistuu ja http://www.csc.fi/english/csc/news/customerinfo/customer_email_ending Www-tiedotteiden lopusta löytyy mm. linkit ohjeistukseen miten eräajotyössä sähköposti ohjataan ulkopuoliseen osoitteeseen. Kaikki yleiset yhteydenotot CSC:hen asiassa ohjataan helpdeskin kautta. ----------------------------------------------------------------------- 5. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 5.1 Cray Workshop for Louhi Users 03.-06.11.2008 Compiling, porting, profiling, and optimizing codes to the Cray XT4 and XT5. Usage of program development tools on Louhi. Consists of lectures and hands-on exercises. For more details and registration see: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/crayworkshop2008 5.2 Protein modeling with Discovery Studio 20.-21.11. 2008 A few places still available, act fast! Registration by 14.11.2008. http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/DS_kurssi_2_2008 5.3. Methods for studying sugar metabolism Experimental and modelling methods for studying sugar metabolism is a postgraduate course organised by The Finnish Glycoscience Graduate School in collaboration with CSC: Registration by 03.11.2008: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/sugar_metabolism_2008 5.4 Winter School in Theoretical Chemistry 2008 10.-12.12 (Univ. of Helsinki) The Department of Chemistry, University of Helsinki organises this annual Winter School. This year the topic is: Reactions on Surfaces - Towards Realistic Computational Modelling of Surface Reactions. More information an registration: http://www.chem.helsinki.fi/Info/WinterSchool/ws2008.html 5.5 Introduction to parallel programming. 1.-2.12.2008 The course introduces the basics of parallel programing with the message passing interface (MPI) paradigm. More information and registration: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/basic_mpi_2008 5.6 Crossfire-course in December 2008 at CSC More information about this in the beginning of November from CSC's training course web pages. 5.7 Ligand-Based Design Strategies With Tripos 13.-14.1.2009 This training course for Sybyl users will cover the topics: -Rapid 3D-QSAR and Lead Optimization with the Topomer Technology -De-novo Design More information about this on November from CSC's training course web pages. 5.8 Coarse Graining Workshop 28.-30.1.2009 Some of the leading developers of the field present the fundamentals of coarse graining, applications to lipids and proteins accompanied by hands-on exercises. The first round of registration ends by the end of November. Print a flyer! (see workshop www-page): http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/cg-2009 5.9 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi-ja tapahtumailmoituksia voi seurata nyt myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed ----------------------------------------------------------------------- 6. Uudet ohjelmat ja muita ohjelmisto- ja tietokantauutisia 6.1 VMD 1.8.6 asennettu Murskaan VMD (Visual Molecular Dynamics) on tehokas graafinen käyttöliittymä molekyylien visualisointiin ja MD-ajonen analysointiin. Sen saa käyttöön komennolla module load vmd Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/sciences/bioscience/programs/VMD 6.2 Gromacs 4-versiot käytettävissä Murskalla ja Louhella Gromacsin uusi paremmin rinnakkaistuva versio on vihdoin julkaistu. Koodissa saattaa vielä olla jotainkin kummallisuuksia, joten tulokset kannattaa edelleen tarkistaa huolella. Versioita päivitetään edelleen, joten seuraa module avail -komennolla mitä on tarjolla. Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/gromacs ----------------------------------------------------------------------- 7. CSC Rekrytoi CSC hakee tällä hetkellä joukkoonsa Verkon tietoturva-asiantuntijaa ja kahta tietoliikenneasiantuntijaa. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 8. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 8.1 Tietoyhteys 3/2008 ilmestynyt http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tietoyhteys 8.2 @CSC 3/08 ilmestynyt 15.9. http://www.csc.fi/sivut/atcsc ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 50. ----------------------------------------------------------------------