====================================================================== Chemistry@CSC - nro 2/2010 Sisällys: 0. Talven parhaat kelit laske(ttele)miseen ! 1. 128 ydntä Murskalla oletusmaksimiksi 2. Hipun näyttökorttien etäkyttö nopeuttaa grafiikkaa 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat 4. Ohjelmistouutiset 6. CSC rekrytoi 7. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Talven parhaat kelit laske(ttele)miseen ?! Näillä säillä olisi kiva laske(tell)a ulkona, mutta onnistuuhan se supertietokoneillakin. Itseasiassa CSC:n 'vihreä konehuone' -projekti on tuottanut tulosta ja omalta pieneltä osaltaan auttanut (ja käyttänyt) talvikelejä: kylmää ilmaa hyödyntämällä on saatu koneiden jäähdytykseen tarvittavaa energiaa säästettyä huomattavasti. Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Murskalla sallittu nyt ajot oletuksena 128 ytimeen saakka Nyt Murskalla on mahdollista ajaa rinnakkaistöitä jopa 128 ytimellä ilman erillisiä skaalautumistestejä. Optimaalinen prosessorimäärä kannattaa tietenkin tutkia itse. Skaalautumista voi tutkia esim. Louhen ohjeiden perusteella: http://www.csc.fi/tutkimus/Laskentapalvelut/laskenta/palvelimet/louhen_skaalautuvuustestit ----------------------------------------------------------------------- 2. Hipun näyttökorttien etäkyttö nopeuttaa grafiikkaa Tahmaako ohjelmasi grafiikka? Näyttökortteja etäkäyttämällä sovellukset pyörivät kuin paikallisesti asennettuina! Raskasta 3D-grafiikkaa sisältäviä CSC:n palvelinten tiedeohjelmia ei ole tähän asti voinut etäkäyttää interaktiivisesti (esim. molekyylimallinnus). 3D-mallien siirtyminen verkon yli on liian hidasta interaktiiviseen ajoon. Hipun grafiikkakortteja pääsee etäkäyttämään väliohjelmalla joka välittää kuvan Hipun työpöydästä. Koska OpenGL-grafiikka piirretään palvelinpäässä, interaktiivinen käyttö on nopeaa kuin paikallisesti laskettaessa. Vaikka käyttämäsi ohjelma olisikin asennettu myös omalle koneellesi, saatat hyötyä etäkäytöstä jos dataa on paljon ja se sijaitsee valmiiksi CSC:n palvelimella. Voit myös ajaa ohjelmia interaktiivisesti silloinkin kun et ole oman koneesi ääressä, esimerkiksi heikkotehoisella läppärillä. Tarkemmat ohjeet tämän kokeiluasteella olevan palvelun käytöstä saat lähettämällä postia listalle remotegraphics@csc.fi ----------------------------------------------------------------------- 3. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 3.1 Code optimization and performance tuning 22.-24.3. at CSC This course provides an intermediate and advanced level treatment of all the essential ingredients for achieving high performance in numerical scientific computing on modern supercomputers. Registration (by 17.03. - only two days!) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/code-opt-10 3.2 Schrödinger Workshop - Focus on Advanced Structure-based (Drug) Design 25.3.2010 09:00 - 18:00 at CSC The workshop will focus in the advanced use of Maestro for structure-based drug design using hands-on exercises and examples. Registration by 19.03.2010 17:00: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/maestro-2010-3 3.3 SLING Bioinformatics Roadshow, 18.-20. May 2010 at CSC The course will provide hands-on training on some of the bioinformatics tools and databases developed by EBI. We will concentrate especially on various EBI datasources for functional genomics. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/sling2010 3.4 PERCH NMR software, 6.-7.6.2010 in Kuopio Learn to use PERCH NMR software via lectures and hands-on-tutorials. The course theme is quantitative NMR and especially during the second day more advanced topics will be covered. Registration and more info: http://www.csc.fi/csc/kurssit/arkisto/perch_2010 3.5 CSC Summer School in Scientific and High-Performance Computing June 12.-20. 2009, in Nuuksio, Solvalla CSC Summer School brings together undergraduate and graduate students and postdoctoral researchers in different disciplines of scientific computing. The contents consist of lectures and hands-on training on parallel programming, code optimization and advanced usage of popular scientific programs. The course is full, but more information in the web: http://www.csc.fi/english/pages/hpc/summerschool 3.6 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 4 Ohjelmistot http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/programs 4.1 Materials Studioon uusi module: CASTEP NMR Moduli mahdollistaa periodisten rakenteiden NMR varjostusten laskemisen. Jos olet asentanut kaikki modulit, NMR CASTEP toimii suoraan. Jos modulia ei ole asennettu, voit ladata (koko) asennuspaketin, ja asentaa siitä vain ko. modulin. Asennuspaketti löytyy Tutkijan käyttöliittymästä. Lisätietoja: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/nmr_castep 4.2 Gromacs 4.0.7 available on Louhi and Murska The default version is still 4.0.5, but that will be changed for the next newsletter. More information with "module avail" and: http://www.csc.fi/english/research/software/gromacs ----------------------------------------------------------------------- 5. CSC Rekrytoi Tällä hetkellä haemme kesäharjoittelijoita, IT-asiantuntijaa sekä sovellus- asiantuntijaa vastaaman mm. DFT:n ja rinnakkaislaskennan asiakastuesta. http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ Myös Tampereen Teknillisessä Yliopistossa on 'tieteellisen laskennan asiantuntijalle' avoin paikka. Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/chematcsc/TCSC-Asiantuntija-TTY-1.pdf ----------------------------------------------------------------------- 6. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 6.1 Tieteen tietotekniikka: http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2010/1 ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 16. ----------------------------------------------------------------------