====================================================================== Chemistry@CSC - nro 5/2010 Sisällys: 0. Kursseille hihoja käärimään! 1. Materials Studion CASTEP-modulin B3LYP-funktionaali viallinen 2. Seuraa - ja kommentoi! CSC:n Blogeja 3. Hipuilla nopeaa kuitulevyä väliaikaistiedostoille ($FCWRKDIR) 4. Oikotie kemistien palveluihin 5. HPC-Europa2 haun seuraava DL 15.9 6. Tulevat kurssit ja tapahtumat 7. Ohjelmisto- ja tietokantauutiset 8. CSC rekrytoi 9. CSC:n lehdet ja muut julkaisut ---------------------------------------------------------------------- 0. Kursseille hihoja käärimään! Kesää on muka vielä jäljellä, mutta syksyn kurssitarjonta rullaa jo täysillä. Varaa paikkasi laajasta valikoimasta, ja opi hyödyntämään uusia sovelluksia, tuttuja sovelluksia tehokkaammin tai vaikka CSC:n laskentaympäristöä yleensä. Terveisin CSC:n kemian asiantuntijat: Johanna Blomqvist, Nino Runeberg, Atte Sillanpää http://www.csc.fi/chem ----------------------------------------------------------------------- 1. Materials Studion CASTEP-modulin B3LYP-funktionaali viallinen B3LYP-funktionaalilla CASTEP modulilla tehtyjen laskujen energioissa (energiaeroissa) on jopa 0.1eV:n virheitä. Bugi koskee vain B3LYP -funktionaalia CASTEPissa. Accelrys kehoittaa suorittamaan nämä laskut uudestaan tulosten oikeellisuuden varmistamiseksi. Koko tiedote: http://www.csc.fi/csc/ajankohtaista/asiakastiedotteet/castep_b3lyp_bugi ----------------------------------------------------------------------- 2. Seuraa - ja kommentoi! CSC:n blogeja CSC:n asiantuntijat kirjoittavat hieman vapaammassa muodossa tietotekniikkaan ja tieteeseen liittyvistä asioista. Te, arvoisat lukijat, voitte kommentoida tekstejä ja siten olla mukana luomassa yhteistä foorumia, jossa parhaat käytännöt ja uudet menetelmät tavoittavat laajan lukijakunnan. http://www.csc.fi/blogs ----------------------------------------------------------------------- 3. Nopeaa levyä väliaikaistiedostoille hipulla Hippu -palvelimilla on otettu käyttöön nopeaa levyä kuitukytkimen välityksellä. Levy soveltuu erityisesti ajonaikaisten tiedostojen käyttöön. Levyyn viittaa ympäristömuuttuja $FCWRKDIR. Kummallakin Hippu-palvelimella on oma levy, joten samat tiedostot eivät ole käytettävissä hippu1.csc.fi:llä ja hippu2.csc.fi:llä. $FCWRKDIR:llä on tilaa yhteensä 1 Teratavu. Tätä levyä suositellaan käytettäväksi erityisesti Gaussian-laskuissa ja vastaavissa laskuissa, jotka kirjoittavat paljon dataa levylle ajon aikana. Huom. paljon resursseja vaativat Gaussian -työt suositellaan ajettavaksi vuori.csc.fi:lla $FCWRKDIR:in lisäksi hipuilla on $TMPDIR hakemistot, mutta niissä tilaa on vain 142 Gigatavua. Kuva Hipun levyjärjestelyistä: http://www.csc.fi/english/pages/hippu_guide/using_hippu/storing_files 4. Oikotie kemistien palveluihin CSC:n kemian palveluiden aloitussivulle on kerätty sivullinen linkkejä kemistien eniten käyttämiin palveluihin. Linkeistä pääset suoraan mm. ohjelmistojen ja palvelinten opassivuille, kurssiarkistoon, resurssi- hakemuksiin jne. Sivu sopii hyvin myös pikaesittelyksi uusille käyttäjille. Jos listasta puuttuu jotain tarpeellista, lisäämme sen mielellämme muidenkin iloksi ja hyödyksi. http://www.csc.fi/english/research/sciences/chemistry/intro ----------------------------------------------------------------------- 5. HPC-Europa2 haun seuraava DL 15.9 Haluatko lähteä tutkimusvierailulle Eurooppaan tai kutsua yhteistyö- kumppanin vierailemaan ryhmääsi? HPC-Europa2 kustantaa matkat, asumisen, laskentaresursseja kohdemaan superkoneilta ja vielä vähän käyttörahaa. Lisätietoja ja hakuohjeet: http://www.csc.fi/english/csc/news/customerinfo/hpc-europa-call-september ----------------------------------------------------------------------- 6. Tulevat kurssit ja tapahtumat http://www.csc.fi/csc/kurssit 6.1 Introduction to R programming, 6-7 September, CSC This course will introduce programming with the R language. The emphasis is strongly on programming, and statistical topics will only be glanced. The course starts with the basics of R language followed with visualizations, statistical tools and data technologies. Previous experience with programming will help getting benefit of the 50%/50% lectures and hands-on exercices. Registration (by 27 October at the latest) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/introduction_to_R 6.2 Suurteholaskennan kurssikokonaisuus / High-performance computing curriculum This curriculum consists of eleven intense course days and provides an introduction to efficient usage and programming of supercomputers. Discussed topics include programming and scripting languages, parallel programming techniques and techniques for improving application performance. Registration by 10th September 2010: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/hpc-2010-2011 6.3 CSC Supercomputing Environment, September 14, CSC How to get started? This course covers the basic usage of the whole computing environment (servers, compiling, data management, job management,...) in a (nut) shell! Registration (by 10th September at the latest) and more info: http://www.csc.fi/courses/archive/cscenv2010 6.4 Graphics processing for molecular dynamics, 28-29 October, CSC This workshop shows how to utilize GPUs for speeding up Gromacs molecular dynamics simulations, and how to use VMD for making high-quality visualizations. The workshop consists of lectures given by Gromacs developers Erik Lindahl and Teemu Murtola (Stockholm University), and related hands-on exercises. The exercises are carried out in workstations powered by Nvidia Tesla cards. A more detailed program will be published later. Registration (by 22th October at the latest) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/gpu-gromacs 6.5 Scripting Techniques, October 25, CSC Become a Unix guru! After attending this course you will be able to impress your colleagues with Unix spells and hexes; and make your daily work much more convenient, too. This is a crash course to scripting techniques, including shell scripting, various small Unix programs, as well as Awk, Sed, and Perl syntaxes. Registration (by 19th October at the latest) and more info: http://www.csc.fi/courses/archive/scripting-tech 6.7 PRACE Autumn School, 25-29 October, Barcelona, Spain PRACE is the persistent pan-European Research Infrastructure for High Performance Computing. The event is attractive for a heterogeneous audience, covering lectures on topics ranging from basic concepts on programming frameworks to specialised tools and techniques for advanced users. Registration and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/prace-autumn-school-2010 6.8 Introduction to parallel programming with MPI, 24-25 November, CSC The course introduces the basics of parallel programming with the message passing interface (MPI) paradigm. Registration (by 17th November at the latest) and more info: http://www.csc.fi/english/csc/courses/archive/mpi2010 6.9 Sybyl -koulutus Sybyl-ohjelmiston koulutus järjestetään loppusyksystä. Otamme mielellämme vastaan toivomuksia kurssin aiheista! Lisätietoja kurssista luvassa myöhemmin täällä: http://www.csc.fi/english/research/software/sybyl 6.10 Kurssit ja tapahtumat RSS-syötteenä CSC:n kurssi- ja tapahtumailmoituksia voi seurata myös RSS-syötteenä. Rekisteröidy www:ssä: http://www.csc.fi/event_feed Mitä kursseja haluaisit CSC:n järjestävän? Lähetä ehdotuksia kemian asiantuntijoillemme. ----------------------------------------------------------------------- 7. Ohjelmisto- ja tietokantauutiset 7.1 CrossFire -palvelu jatkuu loppuvuodesta Reaxys-palveluna. Marraskuun alusta lähtien Beilstein ja Gmelin-tietokantojen käyttö tapahtuu www-selainpohjaisessa Reaxys-palvelussa. Vanha CrossFire jatkaa vuoden loppuun. Lisätietoja luvassa myöhemmin täällä: http://www.csc.fi/english/research/software/crossfire 7.2 Maestro Suite 2010 ladattavissa (vain konsortiojäsenille) Schrödinger on julkaissut uuden version mallinnusympäristöstään. Se tullaan asentamaan lähiakoina myös CSC:n palvelimille, mutta se on jo nyt ladattavissa ja asennettavissa omille koneillenne. Asennuspaketti kannattaa ladata uudesta tutkijan käyttöliittymästä https://sui.csc.fi -> downloads -> Schrödinger josta se valuu huomattavasti nopeammin kuin rapakon takaa - kiitos Funetin. 7.3. NWChem 5.1.1 asennettu Louhelle Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/nwchem 7.4. ADF 2009.01 asennettu Louhelle Yhteistyössä ohjelmistoa edustavan SCM:n kanssa on ensimmäinen toimiva versio ADF:stä saatu käännettyä Louhelle. Tämä versio skaalautuu jo kohtalaisesti 64-128 coreen asti, ja tarkoitus on jatkaa kehitystä vielä paremman skaalautuvuuden saavuttamiseksi. Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/adf 7.5 TURBOMOLE 6.2 ja TmoleX 3.0 asennettu Vuorelle Turbomole 6.2 sekä uusin versio TmoleX GUI:sta on asennettu Vuorelle. TmoleX:n client-version voi myös ladata ilmaiseksi omalle koneelle Cosmologicin sivuilta http://www.cosmologic.de/index.php?cosId=3015&crId=3 Lisätietoja: http://www.csc.fi/english/research/software/turbomole ----------------------------------------------------------------------- 8. CSC Rekrytoi Tällä hetkellä haemme projektikoordinaattoria ja järjestelmäasiantuntijaa. http://www.csc.fi/csc/rekry/avoimet/ ----------------------------------------------------------------------- 9. Uudet Lehdet ja muut julkaisut 9.1 Uusin Tieteen Tietotekniikka http://www.csc.fi/csc/julkaisut/tieteentietotekniikka/2010/2 9.2 Blogit http://www.csc.fi/blogit ----------------------------------------------------------------------- SEURAAVA UUTISKIRJE ilmestyy viikolla 36. ----------------------------------------------------------------------