Ohjelmat ajetaan käyttäen srun-komentoa, kun käytetään MVAPICH2-kirjastoja, ja mpirun-komennolla, kun käytetään OpenMPI-kirjastoja. Skaalatuvuustestit on ajettava eräajojärjestelmän SLURM alaisuudessa käyttäen eräajoskriptiä, joka lähetetään ajoon sbatch-komennolla. Lisätietoja ohjelmien ajamisesta sekä esimerkkejä eräajoskripteistä on saatavilla verkko-oppaassa:
Ohjelman suoritusaika saadaan selville time komennolla, alla esimerkki (jota siis käytetään eräajoskriptissä):
MVAPICH2:
time srun ./mpitest
OpenMPI:
time mpirun -np N ./mpitest
jossa N on varattujen ydinten määrä.
Komento time tarvitaan vain skaalautuvuustestejä varten. Vuoren tapauksessa time:n antamat ajoitustiedot tulostuvat "system error message output" -tiedostoon joka määritellään eräajotiedosssa #SBATCH -e valitsimella.
Voidaksesi toimittaa CSC:lle tarvittavat ohjelmasi skaalautuvuutta osoittavat tulokset, tee seuraavat asiat:
-
Luo yksi tai useampi tuotantoajojasi hyvin kuvaava kestoltaan lyhyt testiajo.
- Aja nämä eräajona Murskassa 8, 16,32, jne. prosessorilla haluttuun prosessorimäärään asti.
- Kerää taulukkoon tiedot ajojen kestoista eri prosessorimäärillä.
- Lähetä kootut tulokset sähköpostiosoitteeseen: helpdesk@csc.fi. (HUOM: Lähetettyihin tuloksiin emme välttämättä aina vastaa, ellemme halua lisätietoja). Muista mainita sähköpostiviestissäsi, jos tulosten perusteella myös muiden käyttäjien tulisi saada suurempi laskentaydinmäärä käyttöönsä.
Hyvin rinnakkaistuvana pidetään sellaista ohjelmaa, joka nopeutuu ainakin puolitoistakertaisesti (1,5), kun ajoon käytettyjen prosessorien määrä kaksinkertaistetaan. CSC voi tarvittaessa myös auttaa käytettävän koodin optimoinnissa.
Kaikki tätä asiaa koskevat kysymykset voi myös lähettää sähköpostiosoitteeseen:
