Tieteenalat

• Biotieteet
• Fysiikka
• Geotieteet
• Kemia
• Kielentutkimus
• Lääkeainesuunnittelu
• Matematiikka
• Nanotiede
• Rakenneanalyysi
• Tilastotiede
• Virtauslaskenta
• Visualisointi

Biotieteet		Alkuun
ABySS	De-novo -sekvenssien koostamisohjelma	A
BEAST	Ohjelmisto sekvenssien Bayesilaiseen MCMC analyysiin	P
BEDTools	Ohjelmistopaketti sekvensointi datan hallintaa varten	P
BLAST	Sekvenssitietokantojen homologiahaut	A
BLAT	BLASTin kaltainen sekvenssien rinnastus työkalu	P
Bowtie	Linjaa lyhyitä DNA-skevenssejä genomisekvenssiin	P
Bowtie2	NGS datan rinnastus vertailugenomiin.	A
BWA	Sekvenssien kokoamisohjelma	P
CD-HIT	Sekvenssien luokitteluohjelma	A
CHARMM	Molekyylimekaniikka ja -dynamiikka	A
Chipster	DNA-mikrosirudatan analyysiohjelmisto	P
ClustalW	Monen sekvenssin rinnastus	G
Cufflinks	RNA-Seq analyysiohjelmisto	A
DHSMAP	Geenien LD-hienokartoitus	P
DiscoveryStudio	Molekyylimallinnusohjelmisto proteiineille	A
EMBL	nukleotidisekvenssejä	P
EMBOSS	Sekvenssianalyysiohjelmisto	A
ExaML	Ohjelmisto fylogeneettistä analyysiä varten. Implementoi RAxML:ää	P
exonerate	Sekvenssirinnastusohjelmisto	A
FastQC	Laaduntarkistusohjelmisto sekvenssidatalle	P
genehunter	Parametrinen ja ei-parametrinen kytkentäanalyysi	G
GenomatixSuiteP	Ohjelma ja tietokanta promoottorianalyysiin	A
gsnap	Rinnastaa lyhyitä DNA-skevenssejä genomisekvenssiin.	A
haploassoc	Geenikartoitus	A
haploview	Geenikartoitus	A
HMMER	Kätkettyihin Markovin malleihin perustuva sekvenssianalyysi	A
Jalview	Sekvenssirinnastuseditori	A
linkage	LINKAGE	G
Maestro	Monipuolinen molekyylimallinnusohjelmisto erityisesti lääkeainesuunnitteluun	A
MAFFT	Monen sekvenssin rinnastusohjelma.	A
Maq	Sekvenssien kokoamisohjelma	P
Meme	Sekvenssihahmojen tunnisustyökalu. Käytetään EMBOSS:in kautta	A
Merlin	Geneettinen kytkentäanalyysi	G
MrBayes	Fylogenetiikka	A
Muscle	Nopea ja tarkka sekvenssirinnastusohjelmisto	P
NAMD	Molelyylidynamiikkaohjelmisto	A
Nr_aa	NCBI:n tuottama NR-proteiinisekvenssitietokanta	P
Nt_na	NCBI:n NT-nukleotodisekvenssitietokanta	P
PairsDB	Proteiinisekvenssien rinnastustietokanta	P
PDB	3D rakenteita	P
pedcheck	Perheaineistojen tarkistus virheiden varalta	G
Pfam	proteiiniperheiden ja -domeenien HMM-malleja	A
PHYLIP	Ohjelmisto fylogeneettistä analyysiä varten	G
phyml	Ohjelmisto fylogeneettistä analyysiä varten. Perustuu Maximum-likelihood menetelmälle	P
Pise	Pise web-käyttöliittymä	A
POY	Fylogeneettinen analyysi	P
Prinseq	Sekvenssidatan laadunvarmistuohjelmisto	P
PRINTS	proteiiniperheiden ja -domeenien motiivisarjoja	P
Prosite	proteiiniperheiden ja -domeenien profiileita ja hahmoja	P
pseudomarker	Pseudomarkkerianalyysi geenikartoitusdatalle	A
RAxML	Nopea ML-menetelmiä soveltava fylogenetiikkaohjelmisto	A
RefSeq	nukleotidisekvenssejä (mRNA ja ihmisen genomikontigit)	P
Rosetta	Proteiinirakenteiden ennustus, suunnittelu ja telakointiohjelmisto.	A
SAMtools	Tools for manipulating alignments in the SAM format.	A
Seaview	Sekvenssieditori	A
SHRiMP	Suurethosekvenointidata vertailu referenssigenomiin	A
SimWalk2	Kytkentäanalyysi ja haplotyyppaus	G
snphap	Geenikartoitus	A
SOAPdenovo	De-novo -sekvenssien koostamisohjelma	A
SP-TREMBL	EMBL:n koodaavien sekvenssien translaatioita, jotka aiotaan lisätä SwissProtiin	P
SSAHA	Hajakoodausalgoritmiiin perustuva nopea sekvessihakuohjelmisto.	A
stampy	Ohjemisto sekvenssijaksojen rinnastamiseen referenssi genomia vasten	P
SWISS-PROT	proteiinisekvenssejä	A
Sybyl	software package for molecular design and analysis	A
TMHMM	Proteiinien transmembraanisten alueiden ennustusohjelma.	A
TNT	Nopea parsimoniamenetelmää soveltava fylogenetiikkaohjelmisto	A
TopHat	silmukoimiskohtien kartoitus RNA-sekvenssien avulla	P
TrEMBL	EMBL:n koodaavien sekvenssien translaatioita	P
vcftools	VCF-tiedistojen käsittelyohjelma.	A
Velvet	Lyhyille sekvenssijuostepaloille kehitetty sekvenssin kokoamisohjelma (assembly).	A
Wise2	Compares a protein sequence or a protein profile HMM to a DNA sequence.	A
Fysiikka		Alkuun
CASTEP	Kvanttimekaniikkakoodi materiaaliominaisuuksille	A
echam5	Ilmakehämalli.	A
Elmer	Monifysikaalinen mallinnusohjelmisto (FEM)	P
GPAW	Tiheysfunktionaaliteoria	P
MaterialsStudio	Materiaalitieteen ohjelmistopaketti	A
MPI-OM	Merimalli.	A
netcdf	Tallennusformaatti tieteelliselle datalle.	P
OASIS3	Ilmastomallinnuksen kytkinohjelmisto	P
siesta	Elektronirakennelaskuohjelma, DFT, lokaali yksihiukkasaaltofunktiokanta	A
VASP	Tasoaalto-DFT, dynamiikkaa	A
Geotieteet		Alkuun
afterburner	Jälkikäsittelytyökalu mm. ECHAM5-datalle	P
ArcGis	Paikkatieto-ohjelmisto	A
CDO	Ilmastomallidatan käsittelyohjelma	P
Elmer	Monifysikaalinen mallinnusohjelmisto (FEM)	P
GrADS	Geotieteellisen datan visualisointi ja käsittely	A
MapInfo	Paikkatieto-ohjelmisto	A
MPI-OM	Merimalli.	A
ncdump	Konvertoi netCDF tiedostot ascii-muotoon	P
NCEP	meteorologinen reanalysis-tietokanta	A
ncgen	Generoi CDL-tiedostosta netCDF-tiedoston, fortran tai C ohjelman	P
NCL graphics	Ilmakehätieteissä käytettävä datan visualisointi kieli	P
ncview	NetCDF tiedostojen katseluohjelma	P
netcdf	Tallennusformaatti tieteelliselle datalle.	P
Kemia		Alkuun
ADF	Kvanttikemia (DFT)	A
Amber	Molekyylidynamiikkaa	A
AutoDock	Molekyylien telakointi	A
Babel	Molekyylitiedostojen konversio-ohjelma	A
CASTEP	Kvanttimekaniikkakoodi materiaaliominaisuuksille	A
CHARMM	Molekyylimekaniikka ja -dynamiikka	A
ConQuest	Molekyylirakenteiden hakuohjelma (CSD)	A
corina	Molekyylirakenteiden 2D -> 3D konvertointiohjelma	A
CP2K	Monipuolinen ab initio ja klassisen molekyylidynamiikan ohjelmisto	A
CSD	Cambridgen kiderakennetietopankki (CSD)	A
Dmol3	Kvanttikemia ( DFT )	A
FFE	Tinker GUI	A
Gaussian	Kvanttikemia (ab initio HF, DFT)	G
GOLD	Molekyylien telakointi	A
gOpenMol	Molekyylien visualisointi ja analysointi	A
GPAW	Tiheysfunktionaaliteoria	P
Gromacs	Monipuolinen molekyylidynamiikka-ohjelmisto	P
IsoStar	Tietämyskanta molekyylien välisistä atomien vuorovaikutuksista (CSD)	A
Maestro	Monipuolinen molekyylimallinnusohjelmisto erityisesti lääkeainesuunnitteluun	A
MaterialsStudio	Materiaalitieteen ohjelmistopaketti	A
Mercury	Kiderakenteiden katselu- ja analyysiohjelma. Osa CSD-pakettia.	A
Mogul	Molekyylien tilastollista geometriaa (CSD)	A
Molden	Molden on kvanttikemian laskentaohjelmien kanssa käytettävä apuohjelma	A
Molpro	Kvanttikemia, erityisesti ab initio	G
NAMD	Molelyylidynamiikkaohjelmisto	A
NWChem	Laskennallinen kemia (ab initio, DFT, MM/MD)	A
PERCH	PERCH NMR-spektroskopia työkalu	A
PreQuest	CSD-formaatin molekyylitietokantojen luominen (CSD)	A
Reaxys	Orgaanisen ja epäorgaanisen kemian tietokannat	A
Rosetta	Proteiinirakenteiden ennustus, suunnittelu ja telakointiohjelmisto.	A
Rotate	molekyylikonformaatioiden luonti ohjelmisto	A
siesta	Elektronirakennelaskuohjelma, DFT, lokaali yksihiukkasaaltofunktiokanta	A
SOMA2	SOMA2-WWW-käyttöliittymä	P
SuperStar	Proteiini-ligandi-vuorovaikutusten ennustaminen (CSD)	A
Sybyl	software package for molecular design and analysis	A
TmoleX	Turbomolen GUI	A
TURBOMOLE	kvanttikemia (ab initio, DFT)	A
VASP	Tasoaalto-DFT, dynamiikkaa	A
VISTA	Geometrisen datan visualisointiohjelma (CSD)	A
VMD	Biologisten makromolekyylien visualisointi ja mallinnus	A
Kielentutkimus		Alkuun
acquis	JRC-Acquis - monikielininen rinnakkaiskorpus	P
amph	Ajatella, miettiä, pohtia, harkita -korpus	A
childes	Child language exchange database	P
dancg	Lingsoftin tanskan jäsennin	A
dma	Digitaalisen muoto-opin arkisto	A
en-fdg	Connexorin englannin jäsennin	A
engcg	Lingsoftin englannin jäsennin	A
fbc	Suomalainen radio- ja tv-korpus	A
ffmpeg	FFmpeg tallentaa, muuntaa ja suoratoistaa ääni- ja kuvatiedostoja.	P
fi-fdg	Connexorin suomen jäsennin	A
fintwol	Lingsoftin suomen jäsennin	A
fstc	Finnish-Swedish Textcollection	A
ftc	Suomen tekstikokoelma	A
gertwol	Lingsoftin saksan jäsennin	A
hcs	The Helsinki Corpus of Swahili	A
hfst	Helsinki Finite-State Transducer Technology	P
kra	Jyväskylän yliopiston keskiranskan korpus	A
ksfpc	KOTUS Swedish-Finnish Parallel Corpus	P
lat	Audiovisuaalisten kieliaineistojen ympäristö	A
lemmieshell	Kielipankin korpushakuohjelma Lemmien komentorivikäyttöliittymä	A
libxml2	libxml2 (2.7.8) ja libxslt (1.1.26) kirjastot ja kommentorivityökalut	P
mrc-uhlcs	Kokoelma pieniä korpuksia useilla kielillä	A
nnotwol	Lingsoftin nynorskin jäsennin	A
nobcg	Lingsoftin bokmålin jäsennin	A
nooj	NooJ on kielitutkimuksen kehitysympäristö, joka sisältää sanakirjoja ja kielioppeja.	P
ota	Kokoelma Oxford Text Archiven julkistekstejä	P
oulu	Oulun korpus	A
parole-de	PAROLE corpus of the German language	A
parole-fi	PAROLE corpus of the Finnish language	A
parole-sv	PAROLE corpus of the Swedish language	A
pc-parse	Morfologisen ja syntaktisen jäsennyksen työkaluja	A
rustwol	Lingsoftin venäjän jäsennin	A
saxon	Saxon XSLT -jäsennin	A
sfnet	SFNET discussion group corpus	A
sicstus prolog	Prolog-kehitysympäristö	A
susanne	Englannin kielen SUSANNE-korpus	P
sv-fdg	Connexorin ruotsin jäsennin	A
swecg	Lingsoftin ruotsin jäsennin	A
textmorfo	Kielikoneen pintajäsennin suomen kielelle	A
wordnet	Englannin kielen sanastotietokanta	P
www-lemmie	WWW-käyttöliittymä Kielipankin korpushakuohjelma Lemmieen	A
Lääkeainesuunnittelu		Alkuun
AutoDock	Molekyylien telakointi	A
corina	Molekyylirakenteiden 2D -> 3D konvertointiohjelma	A
GOLD	Molekyylien telakointi	A
Rotate	molekyylikonformaatioiden luonti ohjelmisto	A
SOMA2	SOMA2-WWW-käyttöliittymä	P
Matematiikka		Alkuun
ComsolMultiphys	Monifysikaalinen mallinnus	A
IDL	datan muokkaus, analysointi ja visualisointi	R
IMSL	Fortran aliohjelmakirjasto	A
Magma	GPU kiihdytetty kirjasto tiheiden matriisien käsittelyyn	P
Maple	Symbolinen matematiikka	A
Mathematica	Symbolinen matematiikka	P
Matlab	Matriisipohjainen numeerinen laskenta	A
NumPy	Kirjasto tieteellisen laskentaan Pythonilla	P
P_ARPACK	Ominaisarvotehtävät	A
PESSL	rinnakkaistettu matemaattinen aliohjelmakirjasto	A
Nanotiede		Alkuun
GPAW	Tiheysfunktionaaliteoria	P
siesta	Elektronirakennelaskuohjelma, DFT, lokaali yksihiukkasaaltofunktiokanta	A
TURBOMOLE	kvanttikemia (ab initio, DFT)	A
VASP	Tasoaalto-DFT, dynamiikkaa	A
Rakenneanalyysi		Alkuun
Abaqus Expanded Teaching Edition	Rakenneanalyysi, elementtimenetelmä	A
Abaqus Research Edition	Rakenneanalyysi, elementtimenetelmä	A
ANSYS Academic Research	Rakenneanalyysi, virtauslaskenta	A
LMS Imagine.Lab AMESim	Integroitu ohjelmisto 1D-systeemien simuloimiseksi	A
LMS Virtual.Lab	LMS Virtual.Lab on integroitu ohjelmistoperhe mekaanisten systeemien simuloimiseksi	A
MSC.Software University FEA Bundle	Rakenneanalyysi, elementtimenetelmä	A
MSC.Software University Motion Bundle	Rakenneanalyysi, monikappale dynamiikka	A
Tilastotiede		Alkuun
JAGS	Bayesilaisten hierakisten mallien analysointi Markovin kertju Monte Carlo simulaatioilla.	A
MySQL-client	MySQL-tietokannan käyttöohjelmisto	A
R	Tilastollinen laskenta	P
Virtauslaskenta		Alkuun
Ansys_CFX	Virtauslaskennan sovellusohjelma	A
ComsolMultiphys	Monifysikaalinen mallinnus	A
Elmer	Monifysikaalinen mallinnusohjelmisto (FEM)	P
Fluent	Virtauslaskennan sovellusohjelma	A
Gambit	Virtauslaskennan esikäsittelija	A
ICEMCFD	Virtauslaskennan esikäsittelijä	A
netcdf	Tallennusformaatti tieteelliselle datalle.	P
OpenFOAM	OpenSource virtauslaskennan ohjelmisto	P
Visualisointi		Alkuun
FreeNX	Etätyöpöytä CSC:n palvelinten nopeaan graafiseen käyttöön	A
gOpenMol	Molekyylien visualisointi ja analysointi	A
IDL	datan muokkaus, analysointi ja visualisointi	R
NCL graphics	Ilmakehätieteissä käytettävä datan visualisointi kieli	P
netcdf	Tallennusformaatti tieteelliselle datalle.	P
Paraview	Rinnakkaislaskentaohjelmisto visualisointiin	P
VisiQuest	Kuvankäsittelyohjelma	A