CSC tekee aktiivisesti yhteistyötä korkeakoulujen, tutkimuslaitosten ja yritysten kanssa. Yhteistyöprojektien tarkoituksena on kehittää uusia tieteen tietotekniikan palveluita ja ohjelmistoja sekä hankkia asiantuntemusta grid-teknologioista.

CSC ylläpitää tieteenalakohtaisia suomalaisten tutkijoiden verkostoja ja osallistuu useiden kansallisten ja kansainvälisten yhteistyöverkostojen toimintaan. Nämä verkostot toimivat tieteen tietotekniikan, tietoteknisten infrastruktuurien, suurteholaskennan, tietoliikenteen ja tietoturvan aloilla.