null CSC tarjosi resursseja – Biohackatonissa kehitettiin uusia työkaluja COVID-19-analyysiin

CSC tarjosi resursseja – Biohackatonissa kehitettiin uusia työkaluja COVID-19-analyysiin

Yli 20 erilaista projektia ja yli 500 tutkijaa, ohjelmistokehittäjää ja lääketieteen asiantuntijaa tapasivat virtuaalisesti 5.–11. huhtikuuta tavoitteenaan parantaa COVID-19-datan saatavuutta, protokollia, analyysejä ja tarjota pilvi- ja laskentaresursseja vaativien data-analyysien suorittamiseksi.

Hackatonin panivat alulle Pjotr Prins, USA; Tazro Ohta, Japani; ja Leyla Garcia, Saksa. Useat ELIXIR-keskukset tarjosivat resursseja, HPC-klustereita ja teknistä apua tapahtuman aikana. Lisäksi ELIXIR Compute Platform perusti yhteisen pääsyn virtuaaliseen pilviympäristöön - virtuaalikoneeseen - josta oli suora pääsy kaikkiin asiaankuuluviin dataresursseihin, analyyseihin ja laskentakapasiteetteihin. Tämän virtuaalikoneen avulla tutkijat pystyivät tutkimaan ja analysoimaan COVID-19-datoja ilman, että tarvitsisi ladata tai asentaa mitään erityisiä ohjelmistoja tai kirjastoja tietokoneisiinsa.

CSC, Suomen ELIXIR-keskus, osallistui tähän hackatoniin tarjoamalla osallistujien käyttöön huippuluokan pilvilaskentapalveluja sekä tallennuskapasiteettia, kuten:

  • cPouta IaaS -pilvipalvelu
  • Allas-objektitallennuspalvelu
  • Rahti-konttitekniikkaan perustuva pilvipalvelu
  • Galaxy-palvelu cPouta-palvelussa asennettiin käytettäväksi European Galaxy -portaalin kautta usegalaxy.eu
  • Hackathonin jälkeen CSC päätti jatkaa Galaxy-palvelun asennusta cPouta-palvelussa COVID-19-pandemiajakson ajaksi. Ajatuksena on, että tutkijat, joilla on käytössään ELIXIR AAI -tili, voivat käyttää palvelua COVID-19-tutkimukseen.

Hackathonin aikana CSC:n asiantuntijat Álvaro González, Jarno Laitinen ja Shubham Kapoor tukivat hackathon-osallistujia mm. pilvipalveluiden käyttöön liittyvissä kysymyksissä, palveluiden asentamisessa sekä datanhallintaan ja -jakamiseen liittyvissä asioissa. Shubham Kapoor ja Tommi Nyrönen olivat vastuussa teknisestä koordinoinnista ja järjestelyistä CSC:n osalta.

- Hackathon meni hyvin useiden satojen kansainvälisten tutkijoiden, kansallisten e-infrastruktuurien ja yksityisten organisaatioiden kerääntyessä yhteen ennenkokemattoman tavoitteen äärelle. Oli todella mielenkiintoista auttaa näitä tutkijoita CSC:n laskentaresurssien käytössä, vastata heidän kyselyihinsä ja opastaa järjestelmäasennuksissa, kertoo Shubham Kapoor, ELIXIR-Finland, Systems Specialist CSC:ltä, tapahtuman jälkeen.

Virtuaalisen Biohackathonin tulokset julkaistaan BioHackrXiv:ssä, ennakkojulkaisupalvelimessa, jota isännöi Open Science Foundation. Näin kuka tahansa voi hyötyä tuloksista. Monet ryhmistä suunnittelevat jo pidemmän aikavälin yhteistyötä tapahtuman aikana saavutettujen tulosten pohjalta.


Lähde: e-Infrastructure Reflection Group´s blog

Kuva: Adobe Stock

Lisää tästä aiheesta » Siirry sisältöihin ja uutisiin »

Shubham Kapoor, ELIXIR-Finland, Systems Specialist, CSC