Kudosten ja solujen kuvantaminen auttaa ymmärtämään solujen välisiä vuorovaikutuksia
Biocenter Oulun infrastruktuuriyksikön johtajan Lauri Eklundin mukaan geneettisesti muokatut mallieläimet ja erityisesti muuntogeeniset hiiret ovat auttaneet tutkijoita ymmärtämään nisäkkäiden normaaliin kehitykseen ja kudosten toimintaan liittyviä ilmiöitä enemmän kuin mikään muu eliö. Ne sopivat myös ihmisillä esiintyvien tautien malliorganismeiksi.
Yksi Biocenter Oulun vahvuusalueista on valo- ja elektronimikroskooppinen kudosten ja solujen kuvantaminen.
– Useat kuvantamisprojektit Oulussa liittyvät geneettisesti muokattujen hiirten tutkimukseen. Oulussa kuvannetaan hiiren alkioita ja elimiä kokonaisina tai kudosleikkeistä yksittäisten solujen tarkkuudella. Olemme ottaneet käyttöön myös menetelmiä, joilla kuvataan soluja ja makromolekulaarisia rakenteita elävissä hiirissä, joissa kudoksia voidaan kuvata tarkalla resoluutiolla mikroskopiaikkunoiden kautta, Lauri Eklund kertoo.
Perinteisen kuvantamisen ongelmia ovat olleet huono erotuskyky, pieni kuvantamissyvyys ja kuvadatan tehokkaan analytiikan puute. Elektronimikroskopiassa näytteiden valmistaminen vaatii erikoisosaamista ja biologisen tiedon esiin saaminen kuvista vaatii tutkijoilta harjaantumista.
Suurten näytteiden kolmi- ja neliulotteisessa kuvantamisessa datan tallennus, siirto ja analyysit ovat haasteellisia ja analyysit voivat vaatia suurta laskentatehoa.
Lauri Eklundin mielestä Suomen ELIXIR -keskus CSC:n tarjoama infrastruktuuri on kansallisesti toimivin ratkaisu raakadatan varastointipaikaksi ja avoimen datan uudelleenkäytölle.