null Pohjoismaissa kehitetyt palvelut valmiina tukemaan taistelua COVID-19:ää vastaan

Kuva: Hannu Mourujärvi/CSC

Pohjoismaissa kehitetyt palvelut valmiina tukemaan taistelua COVID-19:ää vastaan

Vuoden 2020 alussa uusi tauti levisi nopeasti ympäri maailmaa, mikä lamautti maailmantalouden ja aiheutti ennennäkemättömän paljon uhreja. Yhtäkkiä tähän tautiin liittyvän arkaluontoisen ihmisdatan hallintaan ja laskentaan liittyvät palvelut olivat hyvin kysyttyjä.

Emme olleet varautuneita tähän tautiin yhteiskuntana. Pohjoismaat ovat kuitenkin työskennelleet tiiviisti yhdessä muiden ELIXIR-kollegoidensa kanssa tarjotakseen datapalveluja ja työkaluja tutkijoille, jotta he voisivat ymmärtää paremmin tätä virusinfektiota, joka sairastuttaa ihmisiä jopa sairaalahoitoa vaativalla tavalla.

Pohjoisessa asuvat ihmiset ovat valmistautuneet pahan päivän varalle. Kesän hämärtyessä metsämme ovat täynnä kaiken ikäisiä ihmisiä, jotka poimivat marjoja ja sieniä valmistautuakseen kylmään, pimeään ja pitkään talveen. Tämän sadon vitamiinit auttavat meitä selviytymään ensi kesään saakka. Ja mikä olisi parempaa kuin puuliiteri, joka on täytetty kuivilla polttopuilla, kun lunta alkaa sataa.

Vaikka selviytymisemme ei välttämättä enää riipu polttopuista tai ruokavarastoistamme, selviytymisvaistomme heräävät eloon vuosi vuoden jälkeen. Pohjoismaissa kerätään, käsitellään ja säilytetään myös dataa ajatellen, että se voi todella auttaa meitä selviytymään. ELIXIRissä vastuumme on rakentaa tarvittava infrastruktuuri kansallisten tutkijoidemme tukemiseksi. Yhtäkkiä keväällä meiltä kysyttiin, onko meillä infrastruktuuri valmiina - talvi oli saapunut.

Yhteentoimivien pohjoismaisten datapalvelujen ja niitä tukevan infrastruktuurin suunnittelu ei ole ollut helppo tehtävä. Aloitimme pienesti ratkaisemalla yksittäisiä pohjoismaisia käyttötapauksia. Matkan aikana olemme selättäneet haasteet turvallisen ja skaalautuvan tiedonhallintapalvelun käyttöönotosta, joka tukee myös yhteyksiä vastaaviin palveluihin kaikkialla Euroopassa ja myös muualla.

Suomen ELIXIR-osakeskuksen isäntäorganisaatio CSC - Tieteen tietotekniikan keskus Oy on perinteinen suurteholaskennan keskus. Ymmärrämme datanhallinnan ja laskennan yhteentoimivuuden tärkeyden. Molempia näitä tarvitaan.

Suomessa olemme nyt ottaneet käyttöön täysin uudenlaisia palveluita sellaisten arkaluontoisten henkilötietojen hallitsemiseksi, joilla on pääsy laskentaympäristöihimme. Pyrimme huomioimaan koko datan elinkaaren. Tutkijat tarvitsevat palvelun tutkimusprojektinsa jokaiseen vaiheeseen; datan synnystä sen arkistointiin ja analysointiin. Ja pidetään mielessä: tulevaisuudessa sekä data- että laskentaresurssit on yhdistettävä tukemaan kaikkia oikeudellisia, eettisiä ja / tai yhteiskunnallisia vaatimuksia. Kun tiedon tuottaminen siirtyy lähemmäs terveydenhuoltoa, datantuottajien määrä kasvaa nopeasti, eikä paluuta vanhaan ole. Ei auta, vaikka isännöisit tehokkainta supertietokonetta, jos pääsyä vaadittuihin aineistoihin ei ole.

Strategiamme kaksi tärkeätä palasta ovat Federated EGA ja ELIXIR Cloud. Näitä palveluja kehitetään nyt yhteentoimivien genomi- ja fenotyyppiaineistojen hallitsemiseksi ja näiden aineistojen analysoinnin mahdollistamiseksi kaikkialla Euroopassa. Näiden uusien palvelujen keskiössä ovat kansainväliset standardit, kuten Global Alliance for Genomics and Health (GA4GH).

Olemme analysoineet pohjoismaisia käyttötapauksia edistääksemme näiden standardien kehittämistä. Olemme myös yhdenmukaistaneet Suomen suunnitelmat arkaluonteisten datan palvelujen osalta Euroopan laajuisten tavoitteiden kanssa. Lisäksi olemme osallistuneet tiiviiseen yhteistyöhön pohjoismaisten kollegojemme kanssa varmistaaksemme riittävät resurssit ja osaaminen työn loppuun saattamiseksi. Pohjoismainen digitaalisen infrastruktuurin yhteistyö (NeIC) on helpottanut yhteistyötä NeIC Tryggve -projektissa, joka on tukenut pohjoismaista yhteistyötä Euroopan tasolla muiden ELIXIR-keskusten kanssa.

Mielestäni on melko ainutlaatuista, että voimme laittaa oman organisaation tavoitteet syrjään ja työskennellä yhdessä kohti yhteisiä eurooppalaisia tavoitteita, kuten olemme tehneet rakentaessamme EGA-federaatiota pohjoismaisten kollegojemme ja EGA:n isäntäorganisaatioiden EMBL-EBI:n ja CRG:n kanssa.

Palatakseni kevääseen, muistan, kuinka kaikilla näytti olevan kiire esittää ideoita siitä, miten tulisi tukea taistelua COVID-19-pandemiaa vastaan. Nämä ideat eivät välttämättä olleet sopusoinnussa käynnissä olevan työmme kanssa Suomen ELIXIR-osakeskuksessa, eivätkä ne sopineet sovittuihin prioriteetteihimme.

Pian ymmärsimme, että painopisteen muuttaminen aiheuttaisi merkittäviä viivästyksiä arkaluontoisten datapalvelujen kehittämisessä, joita pohjoismaiset tutkijat tarvitsivat yhtä kiireellisesti. Ainoastaan ylimääräisten ponnistelujen avulla pystyimme osallistumaan myös lyhyen aikavälin tavoitteisiin, kuten esim. osallistumaan ELIXIR COVID-19 Hackathoniin.

Suomen federoitu EGA-palvelu julkaistaan pian, ja yhteistyö pohjoismaisten kollegojemme kanssa jatkuu uudessa NeIC Heilsa Tryggvedottir -projektissa. Aiomme myös integroida kansallisen palvelumme uuteen eurooppalaiseen COVID-19 -tutkimusdataportaaliin, jota koordinoi EMBL-EBI ja jolla on tiiviit yhteydet ELIXIRiin.

Työskentelemme myös yhdessä eurooppalaisten kollegojemme kanssa ELIXIR-CONVERGE-projektissa tavoitteena mukauttaa federoidut EGA-palvelumme COVID-19 -tutkimusvaatimuksiin. Koska COVID-19:n toinen aalto on menossa, on hyvä muistaa, että aina talven jälkeen seuraa kevät.

Lisää tästä aiheesta » Siirry sisältöihin ja uutisiin »

Juha Törnroos

Kirjoittaja työskentelee tiimipäällikkönä CSC:llä ja ELIXIR Finlandilla