Uutisia

null Supertietokoneet nopeuttavat sairauksien diagnosointia

Supertietokoneet nopeuttavat sairauksien diagnosointia

Yksilölliset lääkehoidot ovat mahdollisia, jos potilaasta on tarjolla dataa, joka on tallennettu ja esikäsitelty oikein ja datan analyysi on tarpeeksi nopeaa. Suomen ELIXIR -keskus CSC,  Barcelonan supertietokonekeskus (BSC) ja 11 muuta akateemista ja kaupallista toimijaa aloittivat lokakuussa 2020 European HPC Center of Excellence for Personalised Medicine (PerMedCoE) -hankkeen, jossa kehitetään henkilökohtaisen lääketieteen data-analyysimenetelmiä supertietokoneille, myös tuleville eksaluokan supertietokoneille kuten CSC:lle tulevalle LUMI-supertietokoneelle.

Supertietokoneet nopeuttavat data-analyysiä ja mahdollistavat ”omiikoiden” kuten genomiikan ja proteomiikan tuomisen osaksi sairauksien diagnosointia. PerMedCoE-hankkeessa kehitetään ohjelmistoja ja algoritmeja, joilla voidaan merkittävästi lyhentää analyysin vaatimaa laskenta-aikaa, mikä helpottaa ja nopeuttaa sairauksien tunnistamista ja oikeiden hoitojen löytämistä. Nykyisin genomianalyysi voi kestää viikkoja tai jopa kuukausia. Superlaskennan ja oikeiden ohjelmistojen myötä esimerkiksi sairauksien diagnosointi onnistuu jatkossa tuntien tai päivien sisällä.

Tällaiset projektit ovat tärkeitä esimerkiksi Suomen molekyylilääketieteen instituutin tutkimusryhmille, jotka ovat koko ajan tekemisissä valtavien datamäärien kanssa. Datan määrä kasvaa, tallennustilasta on pulaa ja datan esikäsittely on  hidasta. Datan käsittelyyn saadaan apua CSC:n ja FIMM:n työnjaolla. Pilottivaiheessa genomidata siirretään FIMM:istä CSC:lle. Datan esikäsittely ja laadunvarmistus analyysia varten nopeutuvat ja CSC toimii jatkossa datan valtakunnallisena jakajana takaisin tutkimusryhmille. CSC on myös kehittänyt FIMM:istä tulevan genomidatan jakamiseen yhteisen käyttöliittymän CSC:n Allas-palveluun.

Lue lisää Suomen molekyylilääketieteen instituutin (FIMM) teknologiakeskuksen johtaja Katja Kivisen haastattelusta ELIXIR-Finlandin sivuilta
Bioinformatiikka mullistaa terveydenhuollon: Datan tehokas käsittely nopeuttaa diagnooseja ja mahdollistaa yksilölliset lääkehoidot