CSC Koulutukset ja tapahtumat ovat muuttaneet

Löydät tulevat koulutukset ja tapahtumat osoitteesta www.csc.fi/asiakaskoulutus.

Tämä sivusto on arkistoversio eikä sitä enää päivitetä
 

Siirry CSC:n koulutuskalenteriin
null NGS Assembly Course
NGS Assembly Course
Päiväys: 06.09.2012 9:00 - 06.09.2012 17:00
Location details: -
Kieli: english-language
lecturers: Panu Somervuo
Metapopulation Research Group & DNA Sequencing and Genomics Lab
University of Helsinki
Hinta: -

Topics of this course are genome and transcriptome denovo assembly.


Course consists of lectures and hands on exercises. Used tools include Velvet, Trinity, Oases, SOAPdenovo, Minimo (AMOS).

Participants should have basic skills of Linux since all tools are based on command line interface.
Program

Preliminary program:

09:00 Introduction: genome projects, NGS data, denovo assembly methods
10:00 Coffee
10:15 Genome Assembly I (velvet)
12:15 Lunch
13:00 Genome Assembly II (SOAPdenovo)
14:00 Combining Assemblies (amos Minimo)
15:00 Coffee
15:15 RNA-Seq, Transcriptome Assembly (velvet+oases, Trinity)
16:30 Summary
17:00 End

 

Material for the exercises