Koronatsunami

Marraskuun 2019 lopussa uusi koronavirus alkoi tarttua ihmisiin Kiinassa. Virukselle annettiin nimeksi SARS-CoV-2 (Acute Respiratory Syndrome-related coronavirus 2) ja WHO alkoi kutsua viruksen aiheuttamaa sairautta nimellä COVID-19.

Iso-Britannian Imperial Collegen ja kotimaisen THL:n mallitusten mukaan koronaviruksen suurin aalto on tulossa Eurooppaan huhti-toukokuussa. Aalto alkaa vyöryä jo. Italia raportoi noin 500 ihmisen kuolleen yhden vuorokauden aikana koronaviruksen aiheuttamiin komplikaatioihin. 

Tutkimus on tunnistanut yli tuhat ihmiseen vaikuttavaa virusta. Moni näistä aiheuttaa infektion – elimistön normaalin biokemiallisen puolustusreaktion. Koronaviruksen kaltaisen vakavan infektion syyn ja taudinaiheuttajan ilmaantuminen oli siten vain ajan kysymys. Ihmiset elävät silmälle näkymättömien mikrobiologisten elämänmuotojen viidakossa. Eihän ole kuin pari sukupolvea, kun tuhkarokon ja isorokon kaltaiset virukset sairastuttivat kymmeniä tuhansia ihmisiä saman tapaan joka vuosi.

Tällä hetkellä terveydenhuollolla ei ole lääketieteellisiä työkaluja kuten rokotteita ja lääkeaineita koronavirusta vastaan. Keinoina käytetäänkin nyt samoja konsteja kuin sata vuotta sitten espanjantaudin tapauksessa: koulut ja huvittelupaikat suljetaan ja ihmisten liikkumista rajoitetaan. 

Isorokon aiheuttaja on variolavirus. Säännölliset rokotukset isorokkoa vastaan alkoivat 50-luvulla, ja tauti on onnistuttu käytännössä hävittämään ihmiskunnasta. Virusten toiminnan tutkimus ja hoitokeinojen kehitys ovat pitkäjänteistä toimintaa. Kun etsimme rokotetta ihmishenkiä uhkaavia ja yhteiskuntia lamauttava uusia viruksia vastaan, voimme vain nojautua olemassa olevaan, jo kerrytettyyn tutkimustietoon.   

Perustutkimus, jonka avulla kriiseihin pystytään varautumaan, vaatii rahoitusta. Terveyskriiseihin ei pysty reagoimaan ketterällä on-demand bisneslogiikalla. Infrastruktuurin rakentamista ei voi aloittaa siinä vaiheessa, kun kriisi on käynnissä.

Tutkimusinfrastruktuurit ovat virustiedon säilytys- ja jakelupaikkoja. Nämä ekosysteemit koostuvat laitteistoista, tietoverkoista, tietokannoista, aineistoista ja palveluista. Ne muodostavat globaalin tiedon vaihtamisen verkoston ja mahdollistavat eri vaiheissa tapahtuvan, kansalliset rajat ylittävän tutkimusyhteistyön.

Tiedon vaihto täytyy olla luotettavaa. Kokemuksesta hyvä toimija on tutkimusinfrastruktuuri, joka kerää, ylläpitää, säilyttää ja yhdistää biologisen ja lääketieteellisen tutkimuksen tuottamaa aineistoa ja sen tarvitsemaa dataa. Dataa ovat esimerkiksi molekyylibiologinen tieto sekä lääkeaineiden rakenteet, toiminta ja turvallisuus. 

Luotettuja  kansainvälisiä tutkimuksen tietokantoja ovat esimerkiksi European Nucleotide Archive (ENA), josta koronaviruksenkin genomi on saatavana, sekä Universal Protein Resource (Uniprot), johon kerätään proteiinien, solun osien ja eliöiden toimintojen dataa.

Kun tutkijat suunnittelevat rokotetta koronavirukseen, he käyttävät avoimia biologisen tietojen tietokantoja ja dataintensiivistä laskentaa. CSC osallistuu näihin talkoisiin. Se on avannut koronaviruksen tutkimusta helpottavan ohituskaistan tutkijoille, mikä mahdollistaa pääsyn superlaskentaan ja kansalliset rajat ylittävän datan hallintaan (European Data Space, Digital Europe).

Nopean, tietoon pohjautuvan päätöksenteon ja reagoinnin edellytys on, että tiedosta vastaavat tahot (kuten rekisterinpitäjät) tekevät tiedosta yhteentoimivaa ja koneluettavaa. Tietoja kerätään mm. tilastoinnin, terveydenhuollon, tutkimuksen ja päätöksenteon tarkoituksiin, mutta tätä dataa tulisi voida kriisitilanteessa hyödyntää myös alkuperäisestä tarkoituksesta poikkeavaan toisiokäyttöön, kuten  tieteelliseen tutkimukseen. Tätä säätelee niin sanottu toisiolaki, joka tuli voimaan keväällä 2019.

Miten varautuisimme jatkossa koronaviruksen kaltaisiin tsunameihin?  Jatkuva tiedonkeruu, tutkimus ja datainfrastruktuurin ylläpito virusten ja bakteerien ekosysteemeistä olisi parasta riskienhallintaa. Löydettyihin viruksiin voitaisiin ennaltaehkäisevästi kehittää rokoteaihioita ja lääkeaineita, jolloin kriisin puhjetessa terveydenhuollon hoitovarustelun kehitys olisi rivakampaa. Loppujen lopuksi, satojenkin miljoonien investoinnit tähän infrastruktuuriin ja osaamiseen tuntuvat nopeasti nousevan kuolleisuuden ja syvän, pitkäkestoisen globaalin talouskriisin valossa lähes taskurahoilta.


Lisätietoja:

CSC tarjoaa resursseja COVID-19-pandemian vastaiseen tutkimukseen

CSC:n varautuminen koronaviruksen aiheuttamaan poikkeustilanteeseen

Koronavirusskenaariot seuraavalle 18 kuukaudelle

Uusia COVID-19 SARS-CoV-2 tutkimuksia

Ihmiseen tarttuvat virukset

UK Imperial college COVID-19 leviämisennuste

Rokotteilla hävitetyt taudit  

Lääkkeitä laskemalla

COVID-19 proteiinin uusia lääkeaihioita laskennallisilla menetelmillä

Euroopan bioinformatiikan infrastruktuuri ELIXIR

Kuva: Adobe Stock
Taulukko: Picture modified from publicly shared Imperial College COVID-19 Response Team article from https://www.imperial.ac.uk/

 
“Tommi Nyrönen

Tommi Nyrönen

Dr. Tommi Nyrönen leads a team of experts in the European Life Science Infrastructure for Biological information ELIXIR at CSC.

 

Twitter: @nyronen
Linkedin: https://www.linkedin.com/in/nyronen
puh. +358503819511

 

To front page
Trackback URL:

comments powered by Disqus

LATEST POSTS: LATEST POSTS:

ARCHIVE: